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「「レプリコンワクチン接種者お断り」の貼り紙も…新型コロナ「ワクチン成分が感染」不安の声も専門家・厚労省は「科学的知見ない」」　10月1日から新型コロナワクチンの定期接種がスタートしましたが、新しいタイプのワクチンを巡り、安全性が確認できないなどとして入店を制限する動きが広がっています。こうした中、厚労相が4日、改めて安全性を訴えました。10月に入り、検索サイト上で拡散したのは「自己増殖型ワクチン接種者の入店禁止」や「レプリコンワクチンは入店お断り」といったワード。この「レプリコンワクチン」とは、9月に承認されたばかりの新しいワクチンです。メッセンジャーRNAが体内で複製され増える自己増殖型メッセンジャーRNAワクチンで、“次世代型ワクチン”とも呼ばれています。従来のワクチンよりも、少量でより強い免疫反応を得ることができるとされています。10月1日から始まった新型コロナワクチンの定期接種を行っているクリニックを訪ねると、看護師が予約電話の対応をしていました。ここ数日で、レプリコンワクチンを希望する人が増えましたが、実際に接種するのは早くても10月末になるといいます。いとう王子神谷・内科外科クリニック 伊藤博道院長：1瓶に16人分入っていて、一度開けたら6時間以内にそれを打たないといけない。6時間以内に16人打ち切るという予約を取ること自体が非常に難しい。一方で電話の問い合わせ、予約の申し込みが日増しに増えているのは事実。一方、このワクチンを巡り、日本看護倫理学会は緊急声明を発表。そこには「レプリコンワクチン自体が接種者から被接種者に感染するのではないかとの懸念があります」とありました。こうした発表を受けて、女性人気のフィットネスLAVAは、「レプリコンワクチンの接種をされたお客さまにおかれましては入店をお控えいただけますようお願い申し上げます」とウェブサイトに記載。美容院の検索サイトでも、レプリコンワクチン接種者の入店禁止措置を表示する店が多数ありました。

Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes (番組HP): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員） 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト） 理研　和光キャンパス　開拓研究本部 トークしたイベント 濡木先生 西増先生 井上梓先生 古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文 最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報 平野清一さんのIsrB構造論文 ゲノム編集で病気も治るようになってきた トマトでGABAを増やす 魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー） 合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg のHERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビSpizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3'側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa Peel-and-paste：これのb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g） 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例 登さん Deliveryの話、例えばコレ 昔のラボメンはK99取ってた マイキーのPEG10 ジョブハントパート 小関先生 医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤）  東大の真下先生 Cas3の論文 五神真先生 大阪大学の蛋白質研究所 定量研と卓越研究員制度 今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ 独立後の計画 Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回 有識者会議 科研費倍増への運動 後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達 本田圭佑 HFSPミーティング 長田重一先生 アポトーシスの写真 二階堂先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 加藤英明先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 奥山先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文 吉田稔先生 古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん 寺坂さん 松田真弥さん 松本さん 古館さんのNature論文 長井淳さん　飲みましょう！！！（by齋藤） 齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤） 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)

과학자 이야기 시리즈 과학의 사람들, 격동 500년! 최팀장의 진행과 과학자 출신 곽재식 작가, 그리고 이용 기자가 함께 합니다. 오프닝 · 최 팀장의 코카콜라 Stardust맛 시음기 1. 어린 시절 · 하와이로 이주 · 적응이 힘들었던 초등학생 시절 · 친구 리사와의 만남 · 을 읽고 유전자에 관심을 갖다 2. 대학 시절 · 포모나 대학 화학과 입학 · 샤론 파나셍코 교수의 연구에 도움을 주다 · 하버드대 대학원 시절 3. DNA와 RNA · DNA와 단백질, 무엇이 먼저 탄생했을까 · 제임스 왓슨과의 만남 · RNA 결정 만들기 · RNA의 최고 연구자가 되다 4. 노벨상을 타기까지 · UC 버클리에 자리잡다 · 크리스퍼 연구자 질리언 밴필드와의 만남 · 귀인 비덴헤프트와 이네크 · 힐린스키, 이네크, 샤르팡티에와 함께 논문 발표 · 노벨 화학상 수상 *소설 같은 순간

近日，一个由来自美国、法国和瑞士等国家的国际研究团队，在人工智能机器学习的帮助下，从世界各地收集的海水样本中确定了5500种新的RNA病毒，为人们提供了一个关于RNA病毒的数据库。该研究增加了生态学研究的可能性，重塑人们对这些小而重要的亚微观粒子如何进化的理解，另外，也有助于科学家更好地了解地球上的早期生命可能是如何进化的，进而追踪生命的起源。相关研究成果已经发表在《科学》杂志上。

文 | 方舟子默克公司公布了他们研发的一款抗病毒药物治疗新冠的三期临床试验结果，这款药物叫做“莫奴匹拉维”，是根据北欧神话中雷神用的锤子的名称命名的，我们可以把它叫做“雷神锤子”。这个三期临床试验本来计划要招1500个病人做试验，已经招了90%。这些病人都是被新冠感染表现出症状，但只有轻症，症状出现的时间没有超过5天，而且这些病人还必须至少有一种基础病，是容易变成重症的高危人群，因为这款药物的使用目的是要防止轻症的病人转成重症。最近专家组分析了截止到八月份的临床试验的中期结果。当时有差不多一半的病人（762个）已经做了试验。病人分成两组，一组吃药，一组吃安慰剂作为对照组。这两组病人的人数差不多。分析的结果发现，对照组有53个病人转成重症，占14%，其中有8个人后来病死。吃药组只有28个人转成了重症，占7%，没有人死亡。也就是说，如果吃了“雷神锤子”，能够降低轻症转重症的风险大约50%。对于避免死亡的效果更明显，是100%，但这个数据靠不住，因为病人人数太少。但不管怎样，显示了它预防死亡的效果非常好，很可能接近100%。所以，专家组建议立即停止做临床试验，向FDA申请紧急使用。他们认为效果这么明显，如果继续做临床试验不道德，应该尽快让这种药物进入临床使用。FDA已经批准过一种治疗新冠的抗病毒药物，即瑞德西韦，曾经让大家抱以很大的希望，被叫做“人民的希望”。这款新的抗病毒药物跟瑞德西韦的抗病毒原理差不多，都是利用核苷酸类似物来干扰病毒合成RNA。新冠病毒是RNA病毒，也就是说，它的遗传物质是RNA，所以它要通过复制RNA来复制病毒，在传代的时候要合成RNA。RNA是以核苷酸为原料合成的。用来合成RNA的核苷酸有4种，腺苷酸，缩写A；尿苷酸，缩写U；鸟苷酸，缩写G；胞苷酸，缩写C。A和U配对，G和C配对。瑞德西韦模仿的是A，是A的类似物。病毒在合成RNA时，碰到瑞德西韦会错误地把它当成A来使用，本来应该有A的那个位置它用了瑞德西韦，没法进一步地合成下去，这样病毒就没法复制了。“雷神锤子”模仿的是另外一种核苷酸U，是U的类似物。新冠病毒在合成RNA时错误地把“雷神锤子”当成U来使用，在应该有U的位置用了“雷神锤子”。但是，跟瑞德西韦不一样的是，“雷神锤子”被用了以后不影响病毒继续合成RNA。不过，已经合成的RNA再进一步复制时就会出现混乱，因为病毒没法辨认“雷神锤子”究竟是U还是C，有时候会把它当成C，这样跟它配对的是G，而不是正确的A，就发生了突变。所以，在病毒进一步复制时，它的RNA就会发生非常多的这种突变，导致病毒失去活性。“雷神锤子”面向的是那些轻症的病人，避免他们转成重症。而瑞德西韦针对的是已经住院的重症病人，治疗的目的有两个。一个目的是缩短病程，让病人早日康复。临床试验的结果，如果重症病人吃了瑞德西韦，平均10天会康复，而对照组要15天才会康复。另外一个治疗目的，是要降低死亡。临床试验的结果，如果重症病人吃了瑞德西韦，大概11%还会病死，而对照组有15%的病人死亡。所以，它降低死亡的风险是25%，不像“雷神锤子”那么明显。目前世界卫生组织已不再推荐用瑞德西韦治疗新冠。另外，“雷神锤子”要比瑞德西韦便宜得多。“雷神锤子”一个疗程5天，一天吃两次，总费用700美元。瑞德西韦有两种疗程，一种是5天，一种是10天，费用是2000-3100美元，比“雷神锤子”要贵得多。“雷神锤子”还有一个优势，它是口服的，病人可以在家里自己吃药。而瑞德西韦是静脉注射的，只能到医院去接受治疗。目前关于“雷神锤子”的疗效只有默克公司公布的新闻稿，数据很少。我们现在还没有看到它要向FDA提交的详细数据，更没有论文发表。究竟它的疗效怎么样，现在还不确定。因为是已经被独立的专家组认可，而且建议停止试验向FDA紧急申请使用许可，所以结果还是比较可靠的。但是，即使结果是可靠的，也没有那么好。它最主要的目的是防止轻症变重症，降低的风险只有50%左右。目前还有一种药物被FDA批准用来治疗新冠病人，它的用途也是要防止轻症变重症，那就是单克隆抗体。它的有效性达到了70~80%，比“雷神锤子”要好。不过单克隆抗体比较贵，一个疗程2100美元，大概是“雷神锤子”的3倍。而且，它要通过静脉注射治疗，比“雷神锤子”不方便。所以，“雷神锤子”虽然疗效没有那么显著，并不是什么神药，但是一方面比较便宜，一方面使用很方便，还是有它的优势的。但是，不管是“雷神锤子”还是单克隆抗体，它们的效果跟信使RNA新冠疫苗比起来就弱得多了。信使RNA疫苗预防重症、死亡非常有效，有效性达到90%以上。如果一个人接种了信使RNA疫苗，即使不幸被新冠感染了，转成重症的风险是非常低的，死亡的风险更是可以忽略不计。接种信使RNA疫苗，才是预防新冠的第一道防线。只有这一道防线在个别的情况下被击破了，发生了“突破性感染”，这时候治疗新冠的药物才派上用场。而且，信使RNA疫苗非常便宜，两针的费用不到40美元，比“雷神锤子”要便宜得多。疫苗更高效、更便宜，当然首选应该是接种疫苗。不要因为现在又出了能够治疗新冠的药物了，就又给自己不接种新冠疫苗找到一个理由，那是很错误的。2021.10.2.

文 | 方舟子默克公司公布了他们研发的一款抗病毒药物治疗新冠的三期临床试验结果，这款药物叫做“莫奴匹拉维”，是根据北欧神话中雷神用的锤子的名称命名的，我们可以把它叫做“雷神锤子”。这个三期临床试验本来计划要招1500个病人做试验，已经招了90%。这些病人都是被新冠感染表现出症状，但只有轻症，症状出现的时间没有超过5天，而且这些病人还必须至少有一种基础病，是容易变成重症的高危人群，因为这款药物的使用目的是要防止轻症的病人转成重症。最近专家组分析了截止到八月份的临床试验的中期结果。当时有差不多一半的病人（762个）已经做了试验。病人分成两组，一组吃药，一组吃安慰剂作为对照组。这两组病人的人数差不多。分析的结果发现，对照组有53个病人转成重症，占14%，其中有8个人后来病死。吃药组只有28个人转成了重症，占7%，没有人死亡。也就是说，如果吃了“雷神锤子”，能够降低轻症转重症的风险大约50%。对于避免死亡的效果更明显，是100%，但这个数据靠不住，因为病人人数太少。但不管怎样，显示了它预防死亡的效果非常好，很可能接近100%。所以，专家组建议立即停止做临床试验，向FDA申请紧急使用。他们认为效果这么明显，如果继续做临床试验不道德，应该尽快让这种药物进入临床使用。FDA已经批准过一种治疗新冠的抗病毒药物，即瑞德西韦，曾经让大家抱以很大的希望，被叫做“人民的希望”。这款新的抗病毒药物跟瑞德西韦的抗病毒原理差不多，都是利用核苷酸类似物来干扰病毒合成RNA。新冠病毒是RNA病毒，也就是说，它的遗传物质是RNA，所以它要通过复制RNA来复制病毒，在传代的时候要合成RNA。RNA是以核苷酸为原料合成的。用来合成RNA的核苷酸有4种，腺苷酸，缩写A；尿苷酸，缩写U；鸟苷酸，缩写G；胞苷酸，缩写C。A和U配对，G和C配对。瑞德西韦模仿的是A，是A的类似物。病毒在合成RNA时，碰到瑞德西韦会错误地把它当成A来使用，本来应该有A的那个位置它用了瑞德西韦，没法进一步地合成下去，这样病毒就没法复制了。“雷神锤子”模仿的是另外一种核苷酸U，是U的类似物。新冠病毒在合成RNA时错误地把“雷神锤子”当成U来使用，在应该有U的位置用了“雷神锤子”。但是，跟瑞德西韦不一样的是，“雷神锤子”被用了以后不影响病毒继续合成RNA。不过，已经合成的RNA再进一步复制时就会出现混乱，因为病毒没法辨认“雷神锤子”究竟是U还是C，有时候会把它当成C，这样跟它配对的是G，而不是正确的A，就发生了突变。所以，在病毒进一步复制时，它的RNA就会发生非常多的这种突变，导致病毒失去活性。“雷神锤子”面向的是那些轻症的病人，避免他们转成重症。而瑞德西韦针对的是已经住院的重症病人，治疗的目的有两个。一个目的是缩短病程，让病人早日康复。临床试验的结果，如果重症病人吃了瑞德西韦，平均10天会康复，而对照组要15天才会康复。另外一个治疗目的，是要降低死亡。临床试验的结果，如果重症病人吃了瑞德西韦，大概11%还会病死，而对照组有15%的病人死亡。所以，它降低死亡的风险是25%，不像“雷神锤子”那么明显。目前世界卫生组织已不再推荐用瑞德西韦治疗新冠。另外，“雷神锤子”要比瑞德西韦便宜得多。“雷神锤子”一个疗程5天，一天吃两次，总费用700美元。瑞德西韦有两种疗程，一种是5天，一种是10天，费用是2000-3100美元，比“雷神锤子”要贵得多。“雷神锤子”还有一个优势，它是口服的，病人可以在家里自己吃药。而瑞德西韦是静脉注射的，只能到医院去接受治疗。目前关于“雷神锤子”的疗效只有默克公司公布的新闻稿，数据很少。我们现在还没有看到它要向FDA提交的详细数据，更没有论文发表。究竟它的疗效怎么样，现在还不确定。因为是已经被独立的专家组认可，而且建议停止试验向FDA紧急申请使用许可，所以结果还是比较可靠的。但是，即使结果是可靠的，也没有那么好。它最主要的目的是防止轻症变重症，降低的风险只有50%左右。目前还有一种药物被FDA批准用来治疗新冠病人，它的用途也是要防止轻症变重症，那就是单克隆抗体。它的有效性达到了70~80%，比“雷神锤子”要好。不过单克隆抗体比较贵，一个疗程2100美元，大概是“雷神锤子”的3倍。而且，它要通过静脉注射治疗，比“雷神锤子”不方便。所以，“雷神锤子”虽然疗效没有那么显著，并不是什么神药，但是一方面比较便宜，一方面使用很方便，还是有它的优势的。但是，不管是“雷神锤子”还是单克隆抗体，它们的效果跟信使RNA新冠疫苗比起来就弱得多了。信使RNA疫苗预防重症、死亡非常有效，有效性达到90%以上。如果一个人接种了信使RNA疫苗，即使不幸被新冠感染了，转成重症的风险是非常低的，死亡的风险更是可以忽略不计。接种信使RNA疫苗，才是预防新冠的第一道防线。只有这一道防线在个别的情况下被击破了，发生了“突破性感染”，这时候治疗新冠的药物才派上用场。而且，信使RNA疫苗非常便宜，两针的费用不到40美元，比“雷神锤子”要便宜得多。疫苗更高效、更便宜，当然首选应该是接种疫苗。不要因为现在又出了能够治疗新冠的药物了，就又给自己不接种新冠疫苗找到一个理由，那是很错误的。2021.10.2.

文 | 方舟子默克公司公布了他们研发的一款抗病毒药物治疗新冠的三期临床试验结果，这款药物叫做“莫奴匹拉维”，是根据北欧神话中雷神用的锤子的名称命名的，我们可以把它叫做“雷神锤子”。这个三期临床试验本来计划要招1500个病人做试验，已经招了90%。这些病人都是被新冠感染表现出症状，但只有轻症，症状出现的时间没有超过5天，而且这些病人还必须至少有一种基础病，是容易变成重症的高危人群，因为这款药物的使用目的是要防止轻症的病人转成重症。最近专家组分析了截止到八月份的临床试验的中期结果。当时有差不多一半的病人（762个）已经做了试验。病人分成两组，一组吃药，一组吃安慰剂作为对照组。这两组病人的人数差不多。分析的结果发现，对照组有53个病人转成重症，占14%，其中有8个人后来病死。吃药组只有28个人转成了重症，占7%，没有人死亡。也就是说，如果吃了“雷神锤子”，能够降低轻症转重症的风险大约50%。对于避免死亡的效果更明显，是100%，但这个数据靠不住，因为病人人数太少。但不管怎样，显示了它预防死亡的效果非常好，很可能接近100%。所以，专家组建议立即停止做临床试验，向FDA申请紧急使用。他们认为效果这么明显，如果继续做临床试验不道德，应该尽快让这种药物进入临床使用。FDA已经批准过一种治疗新冠的抗病毒药物，即瑞德西韦，曾经让大家抱以很大的希望，被叫做“人民的希望”。这款新的抗病毒药物跟瑞德西韦的抗病毒原理差不多，都是利用核苷酸类似物来干扰病毒合成RNA。新冠病毒是RNA病毒，也就是说，它的遗传物质是RNA，所以它要通过复制RNA来复制病毒，在传代的时候要合成RNA。RNA是以核苷酸为原料合成的。用来合成RNA的核苷酸有4种，腺苷酸，缩写A；尿苷酸，缩写U；鸟苷酸，缩写G；胞苷酸，缩写C。A和U配对，G和C配对。瑞德西韦模仿的是A，是A的类似物。病毒在合成RNA时，碰到瑞德西韦会错误地把它当成A来使用，本来应该有A的那个位置它用了瑞德西韦，没法进一步地合成下去，这样病毒就没法复制了。“雷神锤子”模仿的是另外一种核苷酸U，是U的类似物。新冠病毒在合成RNA时错误地把“雷神锤子”当成U来使用，在应该有U的位置用了“雷神锤子”。但是，跟瑞德西韦不一样的是，“雷神锤子”被用了以后不影响病毒继续合成RNA。不过，已经合成的RNA再进一步复制时就会出现混乱，因为病毒没法辨认“雷神锤子”究竟是U还是C，有时候会把它当成C，这样跟它配对的是G，而不是正确的A，就发生了突变。所以，在病毒进一步复制时，它的RNA就会发生非常多的这种突变，导致病毒失去活性。“雷神锤子”面向的是那些轻症的病人，避免他们转成重症。而瑞德西韦针对的是已经住院的重症病人，治疗的目的有两个。一个目的是缩短病程，让病人早日康复。临床试验的结果，如果重症病人吃了瑞德西韦，平均10天会康复，而对照组要15天才会康复。另外一个治疗目的，是要降低死亡。临床试验的结果，如果重症病人吃了瑞德西韦，大概11%还会病死，而对照组有15%的病人死亡。所以，它降低死亡的风险是25%，不像“雷神锤子”那么明显。目前世界卫生组织已不再推荐用瑞德西韦治疗新冠。另外，“雷神锤子”要比瑞德西韦便宜得多。“雷神锤子”一个疗程5天，一天吃两次，总费用700美元。瑞德西韦有两种疗程，一种是5天，一种是10天，费用是2000-3100美元，比“雷神锤子”要贵得多。“雷神锤子”还有一个优势，它是口服的，病人可以在家里自己吃药。而瑞德西韦是静脉注射的，只能到医院去接受治疗。目前关于“雷神锤子”的疗效只有默克公司公布的新闻稿，数据很少。我们现在还没有看到它要向FDA提交的详细数据，更没有论文发表。究竟它的疗效怎么样，现在还不确定。因为是已经被独立的专家组认可，而且建议停止试验向FDA紧急申请使用许可，所以结果还是比较可靠的。但是，即使结果是可靠的，也没有那么好。它最主要的目的是防止轻症变重症，降低的风险只有50%左右。目前还有一种药物被FDA批准用来治疗新冠病人，它的用途也是要防止轻症变重症，那就是单克隆抗体。它的有效性达到了70~80%，比“雷神锤子”要好。不过单克隆抗体比较贵，一个疗程2100美元，大概是“雷神锤子”的3倍。而且，它要通过静脉注射治疗，比“雷神锤子”不方便。所以，“雷神锤子”虽然疗效没有那么显著，并不是什么神药，但是一方面比较便宜，一方面使用很方便，还是有它的优势的。但是，不管是“雷神锤子”还是单克隆抗体，它们的效果跟信使RNA新冠疫苗比起来就弱得多了。信使RNA疫苗预防重症、死亡非常有效，有效性达到90%以上。如果一个人接种了信使RNA疫苗，即使不幸被新冠感染了，转成重症的风险是非常低的，死亡的风险更是可以忽略不计。接种信使RNA疫苗，才是预防新冠的第一道防线。只有这一道防线在个别的情况下被击破了，发生了“突破性感染”，这时候治疗新冠的药物才派上用场。而且，信使RNA疫苗非常便宜，两针的费用不到40美元，比“雷神锤子”要便宜得多。疫苗更高效、更便宜，当然首选应该是接种疫苗。不要因为现在又出了能够治疗新冠的药物了，就又给自己不接种新冠疫苗找到一个理由，那是很错误的。2021.10.2.

Link to bioRxiv paper: http://biorxiv.org/cgi/content/short/2020.10.26.354233v1?rss=1 Authors: Bravo, J. P. K., Bartnik, K., Venditti, L., Gail, E. H., Davidovich, C., Lamb, D. C., Tuma, R., Calabrese, A. N., Borodavka, A. Abstract: Rotavirus genomes are distributed between 11 distinct RNA segments, all of which are essential for virus replication. Stoichiometric genome segment selection and assembly is achieved through a series of sequence-specific, intersegment RNA-RNA interactions that are facilitated by the rotavirus RNA chaperone protein NSP2. The C-terminal region (CTR) of NSP2 has been proposed to play a role in rotavirus replication, although its mechanistic contribution to the RNA chaperone activity of NSP2 remained unknown. Here, we use single-molecule fluorescence assays to directly demonstrate that the CTR is required for promoting RNA-RNA interactions and that it limits the RNA unwinding activity of NSP2. Unexpectedly, hydrogen-deuterium exchange-mass spectrometry and UV-crosslinking data indicate that the CTR does not interact with RNA. However, removal of the CTR reduced the RNA release activity of NSP2, suggesting that the CTR is important for chaperone recycling. To further interrogate the role of the CTR, we determined cryo-EM structures of NSP2 and its ribonucleoprotein complexes. These reveal that although the CTR is ampholytic in nature, it harbours a highly conserved acidic patch that is poised towards bound RNA. Using a reverse genetics approach, we demonstrate that rotavirus mutants harbouring triple alanine mutations within the acidic patch failed to replicate, while mutations that preserve the charge of the CTR successfully restored viral replication. Together, our data suggest that the CTR reduces the accumulation of kinetically trapped NSP2-RNA complexes by accelerating RNA dissociation via charge repulsion, thus promoting efficient intermolecular RNA-RNA interactions during segment assembly. Copy rights belong to original authors. Visit the link for more info

台灣疫情趨緩，但反觀全球疫情卻在持續延燒。為了對抗這波史上最大的疫情，各國科學家無不披上白色戰袍，努力迎戰新型冠狀病毒。從今年初開始，世界各國對於COVID-19的科學研究，不斷地在科學雜誌或是預印本網站（preprint）發表。然而看似豐沛的研究能量，卻也成為不實訊息眼饞、下手的目標？從病毒突變、精油抗病毒到人造病毒說，科學謠言不勝枚舉，而台灣事實查核中心攜手科學溝通的專家——新興科技媒體中心，共同查核科學謠言，發表過多篇關於科學研究的查核報告。究竟科學研究為何會成為傳言風暴的中心呢？新興科技媒體中心是什麼單位？與台灣事實查核中心合作又有什麼幕後故事嗎？科學如何成為謠言風暴中心？　SMC X TFC 跨界合作S02E02｜有真菌，那有假菌嗎？科學與謠言的真與假 Ｑ：台灣事實查核中心（TFC）會與新興科技媒體中心合作的契機是什麼？科學傳言的查核和其他謠言的查核有何不同，需要審慎考量什麼事？小核：其實，小核本身是傳播學院畢業，對於科學界的專業知識，如病毒突變、基因序列，其實我完全不懂是什麼意思，所以記者也很難擅自解讀這些專有名詞。即使我們直接問專家，也可能會造成雞同鴨講，可能我們理解的是一回事，專家理解的又是一回事，所以我們需要中間的橋樑，幫我們跟專家轉譯資訊，新興科技媒體中心就是扮演這個角色。Ｑ：新興科技媒體中心（SMC）是什麼單位？可以提供什麼？當初是怎麼成立的？如何與事實查核中心合作？穎軒：新興科技媒體中心的概念源自於英國，它是Science Media Center，在2002年成立。台灣是第六個成立的國家，成立於2017年，目前是台大風險中心承接的科技部計畫。SMC的理念其實是要建立科學家與媒體之間的關係網絡，目的是提升媒體報導科學新聞的品質，也提升公眾對於科學的認識。我們跟查核中心合作大概是從2019年開始，而新興科技媒體中心主要是作為溝通的橋樑。以前我們拜訪老師時，常常會遇到老師們說「他不喜歡」或是「不敢接觸」媒體。原因可能是過去媒體聯繫過老師，但結果不如預期，老師的回覆可能被斷章取義或誤解，導致很多老師不太願意再接觸媒體，而新興科技媒體中心的工作，就是讓老師能夠把自己的研究與知識，適當地傳遞給媒體，讓媒體傳播給大眾。我們中心有建立一個專家資料庫，目前大概有340幾位專家，那是我們長期跟各個老師建立的關係。大家以為大學教授平常只有教書，沒什麼事做。事實上，大學老師除了要負責教學，還有自己的研究，要發paper、寫論文、帶學生，同時還要負責學校的行政事務。所以，我們在找專家時常常會遇到一些瓶頸或是困難，例如老師沒有時間為我們讀文獻、為我們解釋更多東西。小核：過去查核中心在查核科學傳言時，常碰到瓶頸，不知道該找哪個領域的哪些專家，而新興科技媒體中心其實就比較了解，什麼樣的議題找什麼樣的專家比較適合，這也是查核中心會跟新興科技媒體中合作的原因之一。（了解，查核不能只仰賴單一意見，但不是那個專業裡面的人，卻又會不太知道該聽取誰的意見比較適合。而這些科學專業知識就可以由新興科技媒體中心來幫你們做補充，或是可以給予你們適合的資源。）因焦慮而散播　出於對未知恐懼的科學謠言Ｑ：比起民生事務或是電視裡的政治事件，「科學」感覺明明是一個很遠的事情，為什麼科學研究、科學論文會成爲傳言的核心，而且會被不實散播呢？小核：查核中心有觀察到一個科學研究假新聞的生態鏈。科學研究發布之後，新聞媒體可能會報導，報導之後就會在網路上開始出現非常多訊息，可能是超譯報導，或是超譯這個研究。整個生態鏈來說，有可能出錯的是媒體、有可能出錯的是後面的網路訊息，但不管是哪個地方出錯，其實科學研究就會變成一個核心，然後圍繞在他旁邊的就像是一層層的假訊息風暴。Ｑ：就你們自己的感受或觀察，這會是出於什麼原因？穎軒：其中一個原因，可能是民眾對於未知領域的焦慮。除非是相關領域出身，一般人很難了解，科學研究究竟想傳達什麼。例如這次的疫情，很多人可能會因為害怕、或是焦慮，擔心自己的家人受到影響，所以就容易讓這些假資訊、假訊息傳播出去。小核：最近我們查了一則傳言，那個傳言說「研究證明COVID-19已經產生一個名為D614G的突變，導致病毒傳染力會暴增十倍以上」，重新回溯整假訊息，其實就是一個非常典型的假新聞生態鏈案例。依序來說，研究發布後，CNN報導了這篇論文，也訪問了另外一位（不是論文作者的）美國病毒科學家。這位科學家認為「這個病毒突變可能會導致傳染暴增十倍以上」，如此評論了這篇論文。但是光看傳言，傳言抽掉背景脈絡，把論文內容跟其他科學家評論放在一起，讓別人誤以為，好像是研究指出「病毒傳染力暴增十倍」，但查核後結果其實不是如此。政治黑幕在側　小心謠言成為操作工具小核：另外，這些科學研究可能會被當作政治操作的工具。過去我們查核了很多新冠病毒起源地的題目，據我們的觀察，其實沒有一個研究指出病毒起源地一定是來自哪裡，但是很可能（譬如說一個擦邊球的）小結論，就會被當作是政治風向的工具。Ｑ：過去有什麼樣的例子，是謠言被拿來作為政治操作的工具？穎軒：例如之前有一篇謠言說，英國一個最新研究證實「新冠病毒來自美國」。其實這篇謠言提到的研究，原始論文是將新冠病毒分為A、B、C三群，其中A群是從中國傳到美國並主要流傳在美國，但傳言卻直接將「A型病毒主要流行在美國」，超譯成「病毒起源於美國」。小核：這題其實是我跟穎軒合作啦，仔細看原始研究的論文，他幫新冠病毒分為三群，並且是依基因序列分為A、B、C三群。Ｑ：這裡所謂的基因序列是指什麼？穎軒可不可以幫我們簡單解釋一下？穎軒：序列是指基因排序，基因密碼子的排序，也就是我們常聽到的DNA或是RNA。分析新冠病毒分析，需要一個跳到人身上之前的那一株病毒，也就類似於我們在畫關係樹的時候，需要一個樹根。如果詳細解釋這篇研究，主要就是透過蝙蝠病毒作為外群來分析，而那隻蝙蝠的病毒是目前我們可以拿到最接近（人體）新冠病毒的祖先。外群是拿來做比較的，外群的選擇就是要謹慎，就是要wisely，你不能亂選。最適合的就是跳到人身上之前的那一株病毒。但現階段有沒有可能找到？不可能找到了！因此我們目前只知道，蝙蝠跳到一個中間（不知道是誰），再跳到人，我們預期它是這樣運作。但對病毒來說，97%相似有多相似？病毒序列其實不長，所以其實沒有差很多，加上他是RNA病毒，RNA病毒變化速度很快。謠言其實過度解釋了研究結果。這篇paper會讓人有點質疑的點也就在於，這支外群其實距離新冠病毒序列差很遠，所以，以外群來說，它並不是那麼的適合。但現階段我們也只能拿它當外群，因為它是我們能找到跟新冠病毒序列差異最小的一株病毒株。實際上，把他們全部畫成一張樹的時候，會發現所有的新冠病毒都聚集在一起，外群分的很遠，因此其實我們沒有辦法用這一隻外群，明確分辨出最早的新冠病毒是哪一株。（小核：所以傳言講說病毒起源於美國，根本是錯的？）對，是過度解釋。（所以這個研究、這篇paper其實是被誤譯、誤解，甚至擅加下判斷，成為一個謠言說「你看明明新冠病毒明明是來自美國，為什麼要叫武漢病毒？為什麼會說他來自中國？」科學研究反而成了政治操作的一種工具。）從科學研究到查核報告　卸下專業領域的零距離溝通比起採訪、報章雜誌，即使被誤讀或扭曲也較容易澄清，但科學論文本身閱讀門檻高，也不容易被意識到其轉述有誤的部分，因此有能力評論、判斷的人少。Ｑ：那我也想請問一下，你們自己在合作的過程中，你們覺得「記者」跟「研究員」是怎麼溝通的？合作幕後有什麼小故事？或者是你們自己覺得科學謠言的查核有什麼技巧，或者是困難性呢？小核：以我跟穎軒的合作，其實光是一篇（像我們剛剛講的）英國那邊研究結果，就要來回討論大概七、八通的電話。因為其實我真的不懂，比如基因序列到底是什麼，外群又是什麼。他跟我講解之後，我還要寫稿，那我寫的對嗎？還要再確認一下，這樣來來回回花不少時間，也是我們在調查科學研究題目時，會花很長的時間的原因。在查核科學研究的時候，查核中心有幾個層次要思考。第一個就是我們傳言講的內容，到底在論文有沒有提到；那假如沒有提到的話，那傳言完全就是捏造，我們可以說他錯。可是很多情況是，的確有些內容有提到，可是傳言超譯了研究。像我們剛剛講的英國研究，它就是超譯的狀況。可是「傳言如何超譯研究」就非常重要，我們要讓民眾聽得懂，而不是一直拿一些艱澀的科學名詞堆在那邊，這就是我們需要一直溝通的原因。Ｑ：關於論文的來源，你們會去查核，這個傳言是來自哪篇論文？像剛才我們一直提到，有傳言聲稱病毒突變成D614G的病毒，那這個消息是來自於哪個論文呢？這個來源究竟有什麼樣的問題？小核：查核過程中，我們會去檢查，研究到底來自哪個科學雜誌還是哪個網站。剛剛提到的D614G突變，研究來自於一個預印本網站，研究團隊是斯克里普斯研究中心。Ｑ：我想要問一下穎軒，「預印本」是什麼？穎軒：預印本（preprint），它是指未經同儕審查過的論文。為什麼會有這個機制？其實這是疫情之後才比較紅的一個概念，目的是為了讓研究人員的研究先跳過繁複、冗長的同儕審查過程，先讓大家知道現在研究進度是如何、發現了什麼。但重點就在於它沒有經過同儕審查，所以無論是在它的研究方法、材料、結論上，各項研究的結果都有待商榷。很多謠言就會引用這些預印本上的部分結論、部分結果，做了很多的超譯，或者是曲解。Ｑ：我有一個問題，預印本之後會變成審查過的嗎？preprint之後還是會再審查，期刊會再做審查。自從疫情爆發之後，期刊審查飛快，以前可能要十天、半個月甚至一年；現在兩、三天就給你上架，很多知名的大期刊都這樣做。最近也有上架之後又發現被人發現論文是有問題的，後來再撤搞。像之前有查核一篇印度研究跟愛滋病毒相關，就是有這樣的爭議。科學研究員需要轉譯一些專業領域的知識，例如他們普遍覺得「本來就這樣子做的事」，如同預印本就是先跳過審查機構給大家看。這些他們覺得稀鬆平常的事情，但這些事情正是一般民眾所不知道的。有真菌，那有假菌嗎？　從艱澀到好懂的轉譯之旅Ｑ：作為一個科學研究員，你會如何「轉譯」艱澀的科學研究報告？穎軒：轉譯科學報告上，我們最常遇到的困難就是專有名詞：如何把專有名詞轉譯成平易近人的描述方式，讓一般大眾可以理解。我們跟老師、專家們接觸時，他們也會有這樣的疑慮，或是困擾。例如老師直接描述自己的研究，我們發現老師們的描述太過困難、太過艱澀。先不論大家看不看得懂，通常是沒有耐心可以看。我個人遇過的一次案例，是那篇新聞直接把研究超譯成「真菌可以用來防治登革熱」。當時找了專家，專家也解釋很多，我將這篇文和老師的意見寫成文章時，才發現裡面很多專有名詞大家看不懂。例如，當時我的同事問我說「有真菌，那有假菌嗎？」，我才認知到，相關領域認為稀鬆平常的詞，可能對一般大眾來說是很陌生、很難想像的。（所以你就翻遍了教科書去找，究竟現在教育裡，大家比較怎麼樣才會知道「真菌」是什麼。）例如很多文獻，或很多基礎研究會用比較多的技術名詞，譬如說DNA的轉譯、轉錄，這一類的名詞，對於相關領域來說是很常見、很基礎的知識，但對一般大眾不會懂，什麼叫做DNA的轉譯、什麼叫轉錄；那究竟DNA和RNA有什麼關係，其實也不是每個人都知道。（感覺就要運用到高中的生物知識。）其實大家國高中都學過，但大家都忘記，所以才需要研究員用他們的專業領域，告訴大家究竟發了什麼事。小核：其實查核中心觀察，我們社會滿習慣去要一個結果：到底什麼是對的、什麼是錯的？例如病毒有沒有突變？突變了到底會怎樣？貓會不會感染新冠病毒？過去我們做過一個題目，是有研究證明貓確實會被新冠病毒感染，但這個結果其實是在特定的時間條件下才能成立，但它能不能推到整個社會的狀況？其實是需要更多的研究證明。我們會把這樣的預設來放在科學的研究上，但其實這是一個很嚴謹的過程啦。Ｑ：穎軒可以幫我們解釋一下，科學家在做實驗或發表論文時，有哪些狀況可能會被大家所誤解嗎？例如之前，我們遇過一個謠言說「精油可以抗病毒」，其實原本的研究是將病毒樣本放在一個小房間裡面，在這小房間裡面打上非常高濃度的精油。實驗結果發現，這麼高濃度下的精油可以讓病毒失去活性，也就是大家常講的「殺死病毒」；儘管實驗如此，但事實上大家在家裡不會用到這麼高的濃度，所以「精油可以抗病毒」的謠言並不合理。實驗常具備這些很縝密、很特定的條件，但這些條件可能會被大眾忽略，然後直接導出一個「精油原來抗病毒」的錯誤結論廣傳給大家。髒空氣帶來自閉症？　科學才不是絕對！穎軒：科學不是一百。應該說，科學不是絕對，尤其是討論公衛議題，其實它只能探討的是關係、相關性，它沒辦法知道因果。像是這類的統計數據，我們只能知道他們之間有相關，沒辦法證明它是因、它是果。例如之前在歐美地區很常做空汙的研究，有傳言說「空汙會造成自閉症」，也有實驗研究它，但是數據只能說「空汙的嚴重度」和「自閉症的發生」有相關性；但沒辦法證明「空汙就會造成自閉症」。原因是什麼？我們沒有辦法用人去實驗，沒有辦法把你關在房間裡，給你大量的空氣汙染，證明就是空氣汙染造成你的自閉症，所以很多議題只能說它有相關，沒辦法說絕對就是因為它造成它——科學不是絕對。以往，我們覺得科學好像是「一翻兩瞪眼」的事情，但其實在整個研究的過程中，它不一定是全然絕對的，還有很多事情是我們要省思的。

RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。Shownotes RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。 核酸の二次構造 (Wikipedia) RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf) Micrococcal Nuclease, NMase (NEB) Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。 Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 2009…Hi-C法のオリジナル論文。 平成29年度 NGSハンズオン講習会 Hi-C解析…Hi-Cのデータ解析についてはこの資料がよくまとまっている。 RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure. Cell 2016…RIC-seq論文のなかで類似手法として比較されたPARISという方法の原著論文。 クライオ電子顕微鏡について AUC/ROC曲線 (三重大 奥村先生) 疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割 (生化学 2016年)…RNA編集についての詳しくてわかり易い日本語解説論文。 RNA Conformation Capture by Proximity Ligation. Annual Review of Genomics and Human Genetics 2020. Editorial notes 技術もさることながらその論文のストーリーがとてもよかった (soh) PUBG-seqとか出てこないかな (coela) Hi-Cはproximityをベースにはしているはずなのですが、実際の距離はわからないので、オリジナル論文に従ってcontact probabilityというべきだったなと思っております。ただcontactとは？？？ (tadasu)

　皮肤是人体表面积最大、最暴露的器官，也是最早老化的器官，或者说，最早能让人注意到老化的器官。皮肤能够显得光滑，很重要的原因是皮肤里头一种叫胶原蛋白的蛋白质在支撑着。胶原蛋白占了皮肤干重的70%。但是皮肤中胶原蛋白的数量逐年在减少，一年大约下降1%，皮肤也就逐渐失去了强度，出现了皱纹。如果能从体外补充胶原蛋白，让皮肤中的胶原蛋白数量保持不变甚至上升，不就能让皮肤永葆青春吗？于是市场上出现了各种各样的胶原蛋白保健品，号称吃了它，就能补充皮肤中的胶原蛋白，让皮肤焕发青春。这种产品是从国外传进来的，但是与国人“吃什么补什么”的传统观念不谋而合，很快成了国内保健品市场上的宠儿。　　但是“吃什么补什么”只是古人的一种幻想，这种幻想是因为不了解食物的消化、吸收过程而产生的。胶原蛋白是一种蛋白质，蛋白质进入消化道后，先被一些蛋白酶切割成一个个由氨基酸组成的小片段，叫做多肽。多肽再进一步被切割成更小的片段，直到成为三肽（由三个氨基酸组成）、二肽（由两个氨基酸组成）和游离的氨基酸，然后被吸收进小肠黏膜细胞中。在那里三肽、二肽进一步被肽酶降解成游离的氨基酸，和其他氨基酸一起被吸收进血液中。氨基酸随着血液被送到全身各个地方，参与各种生理过程，当然也包括在在皮肤中合成新的胶原蛋白。所以吃胶原蛋白，和吃别的蛋白质没有区别，并不能被人体直接吸收利用，最终都是被消化成氨基酸才被吸收，并不能对皮肤起到特殊的保健作用。　　这个道理其实只要学过中学生物课就应该知道的，忘了的话，被人一提醒也就明白了。所以有些保健品厂商就耍了点“高科技”花样，改卖胶原蛋白肽了。他们的理由是，胶原蛋白因为分子量太大没法被人体直接吸收，但是如果先在体外分解成分子量很小的多肽片段，不就可以被直接吸收了吗？有的厂家甚至卖三肽胶原蛋白，意思是已把胶原蛋白都降解成了三肽，而三肽是可以被直接吸收到小肠黏膜细胞里的。这个说法很容易迷惑人，连有的所谓专业人士也觉得不无道理。　　但是吃胶原蛋白肽和吃胶原蛋白的结果不会有任何区别，因为胶原蛋白吃下去，也要在消化道内先变成胶原蛋白肽，胶原蛋白肽保健品不过是把在体内发生的消化过程第一步给跳过而已。消化道内的蛋白酶也不会因为你吃的是胶原蛋白肽就放过它而不对之做进一步的降解。所以吃下去的胶原蛋白肽，最终还是要被消化成氨基酸才被吸收进血液里，即使是三肽，在小肠黏膜细胞中也要被降解成氨基酸。　　少量的胶原蛋白肽有可能躲过消化，从肠道的淋巴或损伤处进入血液循环，即便如此，即便它们不会作为外来的抗原引起过敏，它们也无法用来补充皮肤中的胶原蛋白。体内胶原蛋白是在胶原蛋白基因指导下，用氨基酸合成的。胶原蛋白基因（DNA片段）先在细胞核内合成相应的信使RNA，信使RNA到了核糖体内，在那里当模板，把氨基酸一个个按序列连接起来，合成新的胶原蛋白。在这个过程中，即便有现成的胶原蛋白肽，也起不到任何作用，无助于新的胶原蛋白的合成。甚至，即便把胶原蛋白完整地注射到血液中，它也不会被结合到皮肤中，这些外来的胶原蛋白如果不导致过敏的话，也会逐渐被体内免疫系统清除掉。　　所以口服胶原蛋白是不可能对皮肤起到特殊的保健作用的，它最多是起到补充氨基酸的营养作用，而这种营养作用不会强于吃其他蛋白质，甚至更差。这是因为胶原蛋白是所谓不完全蛋白质，缺少两种氨基酸，营养价值还比不过含有人体所需的全部20种氨基酸的完全蛋白质（例如鸡蛋、牛奶、瘦肉中的蛋白质）。市场上还有胶原蛋白护肤品，那同样不能起到保健皮肤的作用，道理很简单，胶原蛋白是大分子，无法穿透皮肤进入体内。与其徒劳地要从体外补充胶原蛋白，不如好好保护皮肤，例如，避免让皮肤暴露在阳光中。阳光中的紫外线是皮肤的杀手，能降低胶原蛋白的合成达60%

新冠病毒该不该追责动物？ 新冠病毒，我们可以说是从动物身上传递给人的，但是原因可能是我们去吃了这些不该吃的野生动物。所以不是动物的错，还是人的错。有人会问：病毒在动物身上，比如蝙蝠身上有病毒，蝙蝠得不得病呢？我们都知道物种实际上是从低等向高等演化的。虾、蟹一类的动物，属于甲壳类动物、节肢类动物等，它们的免疫系统和人的免疫系统相差甚远，所以它们身上的病毒不能感染人。但蝙蝠是哺乳动物，和人的关系就很近了，同为哺乳动物，物种之间的病毒是很容易进行传播。在节目中我说过，蝙蝠是“病毒之王”却又百毒不侵，秘密就在于蝙蝠是一种会飞的哺乳动物，它的身体代谢机能非常强，体温非常高。 “禽流感”的由来 蝙蝠自己不得病，却把病毒传染给人；那么鸡为什么得了病也能传染给人呢？鸡也不是哺乳动物呀。的确，禽属于鸟纲、人是哺乳纲，禽到人之间的距离是远了一些。要想搞清楚“禽流感”的来源，就要了解流感病毒。流感病毒可能是人类历史上，迄今为止最“成功”的一种病毒，它的致死性是排在前三的。第一是人天花病毒，1979年世卫组织宣布已经基本消灭了；第二可能是导致鼠疫的细菌；第三就是流感病毒。流感是一种RNA病毒，RNA病毒只有一条链，它的变异是非常快的。所以大家经常会听到流感病毒有各种各样的亚型，比如“甲流”，甲型流感，“乙流”，乙型流感，还有丙型流感。有些流感是在猪身上可以传播的，我们就称之为“猪流感”，有些鸟能携带的我们就称为“禽流感”。流感名称后面还会跟两个字母加两个数字，比如说甲流H1N1、H7N9，H和N就分别代表了流感病毒一个是来自于神经氨酸酶，一个是血凝素的两种不同的亚型。通过这两种亚型之间的排列组合，流感病毒目前已知的就多达135种以上或者更多，它会根据不同的季节，在世界范围内呈现不同的流动的趋势。 具体到“禽流感”，我们都知道鸟类会大规模迁徙，流感病毒就有可能像我们坐飞机一样，跨越几千公里，从A点带到B点去。在这个过程中，如果人类因为某种原因，高密度接触病毒，就有可能感染。这就实现了鸟类身上的病毒因为种种我们今天已知或未知的原因传递给了人。【本期节目录制时间：2020年1月30日】

Ira Pastor, ideaXme exponential health ambassador and founder of Bioquark, interview Dr. Lorna Harries, Professor of Molecular Genetics at University of Exeter Medical School. Ira Pastor Comments Today as we continue our discussions on ideaXme pertaining to the biological hierarchy of life, we are going to journey into what I refer to as the "metabolic architecture of the cell", and all of the fascinating dynamics that surround our genomes and allow the information encoded within to impact the on-going physiological states of our health, disease, and aging processes. In doing so we will segue into a discussion around a category of biologic entities, broadly known as Ribonucleic acids (or RNA). RNA RNA is a polymeric molecule essential in various biological roles including coding, decoding, regulation and expression of genes. Cellular organisms use one of the primary forms of RNA, messenger RNA (mRNA) to convey genetic information from our DNA to direct synthesis of specific proteins integral in appropriate gene expression across our cell lineages. RNA silencing or "RNA interference" (RNAi) is the process by which protein production from a gene is turned off. The term "RNA therapeutics" means either the use of one of the other forms of regulatory RNAs (e.g., siRNAs, microRNA) directly as a therapeutic agent and/or the modulation of RNA-based processes with more traditional drugs (e.g. small molecules). Because RNA is central to all biological processes, there are numerous potential avenues for addressing human disorders at the RNA level including many chronic degenerative diseases, infections, and even aging processes themselves. Our guest today, who is an expert in this unique domain of biology and is going to take us further into the topic, is Professor Lorna Harries, Professor of Molecular Genetics, University of Exeter Medical School. Dr. Lorna Harries Dr. Harries has a PhD in Molecular Genetics from University College London, and set up the "RNA-Mediated Mechanisms of Disease Group" at the University of Exeter Medical School in 2006. Her team has a special focus on how RNA biology can influence both normal and disease states, from large-scale "omics" approaches, down to detailed assessment of specific mechanisms in specific genes. Dr. Harries leads the group's investigation into how and why we age, and the reason age is a major risk factor in diseases like Type-2 Diabetes. Her goal is to use the information the group uncovers to develop a new generation of anti-degenerative drugs. As many age-related diseases have common roots, causes and mechanisms, which arise from the failure of a few basic health-maintenance mechanisms that decline in efficiency as we age, the Harries lab feels by focusing and by targeting them, they will eventually be able to target multiple age-related diseases at once. Dr. Harries has written over 90 peer-reviewed articles and was awarded the Diabetes UK RD Lawrence Prize Lectureship in 2011. She is coordinator of the annual UEMS "Men in White" school outreach with Dr. John Chilton, an event that brings in year 9 students from schools stretching from South Devon to North Somerset and gives them hands-on experience of work in a research laboratory. Dr. Harries is also is a STEMnet ambassador as well as an Exeter Catalyst Champion for Public Engagement. On this show we will hear from Dr. Harries: About her background, how she became interested in science, molecular biology, and how she finds herself at the forefront of RNA biology and therapeutics. The history of RNA therapeutics and why according to her recent Nature article "It's Time for Scientists to Shout About RNA Therapies." An overview of RNA splicing, the spliceosome, splicing factors, and their respective roles in human ageing. Her work in RNA regulation of human cellular senescence. Her work in RNA regulation of Type-2 Diabetes. Her future visions for her work. Dr. Lorna Harries will be speaking at the following upcoming conferences: 6th Annual Middle East Diabetes Conference Dubai 29-30 Jan 2020 Splicing 2020 meeting Capirica 12-16 July 2020  Allergan Science of Aging meeting Monaco 30th March - 1st April 2020 (dates provisional!) Longevity Leaders London April 21-22 2020  

我曾经频繁地“下毒”。我的博士论文研究的是遗传信息的转录机制（即遗传信息从DNA传递到RNA的过程），转录过程是由一种叫做RNA聚合酶的蛋白质控制的。在做体外转录实验时，加入一点α-鹅膏蕈碱即可以抑制RNA聚合酶的活性，从而终止转录。顾名思义，α-鹅膏蕈碱是从鹅膏蕈提取出来的毒素，这种毒蘑菇的毒性极强，吃1－3朵就足以致命。受害者在吃的时候不会觉得有异味，而且吃后要过8－24小时才出现中毒症状，毒性发作时可能已离开了犯罪现场，是理想的谋杀工具。这个特性很早以前就已被人们认识到。公元54年，罗马皇帝克劳迪亚斯吃了一盘蘑菇后，过了12小时突然死亡，据信就是由于他的第四任妻子阿格丽品娜在其中偷偷掺了鹅膏蕈导致，使她与前夫生的儿子尼禄得以继位。还有比这更缓慢也更隐蔽的下毒方法。往受害者每天饮用的咖啡中加一点砷、铊等重金属，使毒素慢慢地在体内累积，到毒发身亡时看不出有中毒的迹象。这是侦探小说常见的情节，在现实生活中也会遇到。不过，现在通过化验尸体组织，不难发现死因。有人化验了被珍藏到现在的拿破仑头发，发现砷的含量很高，怀疑拿破仑并非自然死亡，而是被用这种方法毒死的。还可能有人由于经常吃中药补药，慢慢把自己毒死了。台湾卫生署和美国各地卫生机关都发现多种中药补药含有过量的重金属，如砷、汞等。吃这类补药会“发热”、“上火”，让人感到好像很“补”，其实正是重金属中毒的症状。中药是做为食品进入美国的，无需经过批准就可销售，但是如果发现有毒，就会被禁止。许多常见的中成药因被检测出重金属含量过高而在美国被禁。1991年，美国食品药物管理局发现一名13岁华裔儿童吃打蛔虫的中药鹧鸪菜4年后大脑受损，经检验发现鹧鸪菜中汞的含量高达2.3％，公告禁止服用和销售鹧鸪菜。美国法律禁止进口含珍稀动物成分的产品，美国渔业野生动物部法医实验室为此在90年代中期抽查了12种声称含有虎骨、犀角的中成药药丸，未检测到这些成份，却意外地发现这些中成药的有毒元素汞和砷的含量高得惊人，其中含量最高的是谣传治好刘海若“脑死亡”的安宫牛黄丸（又称牛黄安宫丸）。其原因可能是这些药丸都掺了被中医当药用的矿物质雄黄（硫化砷）和朱砂（硫化汞）。许多被历代中医视为无毒的中药现在都被发现含有慢性毒，能导致肾衰竭、癌症、胸腺萎缩、重金属中毒、畸胎。例如，大量服用灵芝会造成急性肾小管坏死，黄连因能引起新生儿溶血症而在新加坡和美国被禁，“止咳良药”款冬久服会导致肝癌。北京崇文医院一位出身中医世家的老中医也和许多患者一样因服用龙胆泻肝丸而导致尿毒症。许多人把龙胆泻肝丸事件归咎于药典出错，把其中的木通换成了有毒的关木通。实际上，除了关木通，含有马兜铃酸中草药还有十几种，常常被当成无毒的药物用于“败火”、“排毒”、减肥、治疗心脏病等，它们都能导致肾衰竭。毒副作用还未被发现的中草药不知还有多少。有人把中医当成“经验科学”，说是千百年来用人体做试验的结晶。其实，没有科学指导的人体试验不仅不能确认药物的疗效，也难以发现药物的毒副作用。服了以后毒性马上发作的剧毒、急毒药物还可凭经验发现，而那些要经过几年、十几年才会出现症状的慢性毒，经验是无能为力的，只有用动物做毒理实验和做流行病学调查追踪服药者才能发现。现代药物在获准上市前都做了这些研究，在说明书中会详细说明毒副作用，而中草药却至今在中国有毒副作用不明的特权。如果不具体说明毒副作用，“是药三分毒”就只是一句废话和推卸责任的借口。同样，如果不提供确凿的证据，“炮制、复方配制或辨证施治可消除单味草药的毒性”、“以毒攻毒”这种说法就只是草菅人命的大话。

In recent years, the sequencing of RNA (RNA-seq) using next generation sequencing (NGS) technology has become a powerful tool for analyzing the transcriptomic state of a cell. Modern NGS platforms allow for performing RNA-seq experiments in a few days, resulting in millions of short sequencing reads. A crucial step in analyzing RNA-seq data generally is determining the transcriptomic origin of the sequencing reads (= read mapping). In principal, read mapping is a sequence alignment problem, in which the short sequencing reads (30 - 500 nucleotides) are aligned to much larger reference sequences such as the human genome (3 billion nucleotides). In this thesis, we present ContextMap, an RNA-seq mapping approach that evaluates the context of the sequencing reads for determining the most likely origin of every read. The context of a sequencing read is defined by all other reads aligned to the same genomic region. The ContextMap project started with a proof of concept study, in which we showed that our approach is able to improve already existing read mapping results provided by other mapping programs. Subsequently, we developed a standalone version of ContextMap. This implementation no longer relied on mapping results of other programs, but determined initial alignments itself using a modification of the Bowtie short read alignment program. However, the original ContextMap implementation had several drawbacks. In particular, it was not able to predict reads spanning over more than two exons and to detect insertions or deletions (indels). Furthermore, ContextMap depended on a modification of a specific Bowtie version. Thus, it could neither benefit of Bowtie updates nor of novel developments (e.g. improved running times) in the area of short read alignment software. For addressing these problems, we developed ContextMap 2, an extension of the original ContextMap algorithm. The key features of ContextMap 2 are the context-based resolution of ambiguous read alignments and the accurate detection of reads crossing an arbitrary number of exon-exon junctions or containing indels. Furthermore, a plug-in interface is provided that allows for the easy integration of alternative short read alignment programs (e.g. Bowtie 2 or BWA) into the mapping workflow. The performance of ContextMap 2 was evaluated on real-life as well as synthetic data and compared to other state-of-the-art mapping programs. We found that ContextMap 2 had very low rates of misplaced reads and incorrectly predicted junctions or indels. Additionally, recall values were as high as for the top competing methods. Moreover, the runtime of ContextMap 2 was at least two fold lower than for the best competitors. In addition to the mapping of sequencing reads to a single reference, the ContextMap approach allows the investigation of several potential read sources (e.g. the human host and infecting pathogens) in parallel. Thus, ContextMap can be applied to mine for infections or contaminations or to map data from meta-transcriptomic studies. Furthermore, we developed methods based on mapping-derived statistics that allow to assess confidence of mappings to identified species and to detect false positive hits. ContextMap was evaluated on three real-life data sets and results were compared to metagenomics tools. Here, we showed that ContextMap can successfully identify the species contained in a sample. Moreover, in contrast to most other metagenomics approaches, ContextMap also provides read mapping results to individual species. As a consequence, read mapping results determined by ContextMap can be used to study the gene expression of all species contained in a sample at the same time. Thus, ContextMap might be applied in clinical studies, in which the influence of infecting agents on host organisms is investigated. The methods presented in this thesis allow for an accurate and fast mapping of RNA-seq data. As the amount of available sequencing data increases constantly, these methods will likely become an important part of many RNA-seq data analyses and thus contribute valuably to research in the field of transcriptomics.

生命起源仮説として圧倒的な支持を得ている RNA ワールドであるが、果たして本当に RNA ワールドは実際にこの世界で成り立ちうる可能性があるのだろうか？「生命とは何か？」 から RNA ワールドを考え、我々の実験成果である DNA-RNA キメラリピッドの構造体形成 に関して、意義をディスカッションした。

生命起源仮説として圧倒的な支持を得ている RNA ワールドであるが、果たして本当に RNA ワールドは実際にこの世界で成り立ちうる可能性があるのだろうか？「生命とは何か？」 から RNA ワールドを考え、我々の実験成果である DNA-RNA キメラリピッドの構造体形成 に関して、意義をディスカッションした。

生命起源仮説として圧倒的な支持を得ている RNA ワールドであるが、果たして本当に RNA ワールドは実際にこの世界で成り立ちうる可能性があるのだろうか？「生命とは何か？」 から RNA ワールドを考え、我々の実験成果である DNA-RNA キメラリピッドの構造体形成 に関して、意義をディスカッションした。