Podcast appearances and mentions of mathias uhl

Welcome to the Olink® Proteomics in Proximity podcast!  Below are some useful resources from this episode:  Published study of primary focusÁlvez MB, Edfors F, von Feilitzen K, Zwahlen M, Mardinoglu A, Edqvist PH, Sjöblom T, Lundin E, Rameika N, Enblad G, Lindman H, Höglund M, Hesselager G, Stålberg K, Enblad M, Simonson OE, Häggman M, Axelsson T, Åberg M, Nordlund J, Zhong W, Karlsson M, Gyllensten U, Ponten F, Fagerberg L, Uhlén M. Next generation pan-cancer blood proteome profiling using proximity extension assay. Nat Commun. 2023 Jul 18;14(1):4308. doi: 10.1038/s41467-023-39765-y. PMID: 37463882; PMCID: PMC10354027. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37463882/  Laboratory, first author, and corresponding author of the study·         SciLifeLab, a collaborative resource for life scientists located in Sweden: https://www.scilifelab.se/·         María Bueno Álvez (first author), PhD student, Science for Life Laboratory (SciLifeLab): https://www.linkedin.com/in/mar%C3%ADa-bueno-%C3%A1lvez-33395b192/ ·         Dr. Mathias Uhlén (corresponding author), Professor of Microbiology, Royal Institute of Technology (KTH), Leader of the Human Protein Atlas, Founding director of the Science for Life Laboratory (SciLifeLab): https://www.kth.se/pro/sysbio/uhlen-group/researchers/mathias-uhlen-1.67763  Olink tools and software·         Olink® Explore 1536, the platform that measured proteins in this study with a next-generation sequencing (NGS) readout: https://olink.com/products-services/explore/·         Olink® Explore HT, Olink's newest solution for high-throughput biomarker discovery that measures 5300+ proteins simultaneously with minimal sample consumption: https://olink.com/products-services/exploreht/ ·         Olink® Insight, an open-access resource to accelerate protein biomarker discovery: https://insight.olink.com/ UK Biobank Pharma Proteomics Project (UKB-PPP), one of the world's largest scientific studies of blood protein biomarkers conducted to date·         Published article: Styrkarsdottir U, Lund SH, Thorleifsson G, Saevarsdottir S, Gudbjartsson DF, Thorsteinsdottir U, Stefansson K. Cartilage Acidic Protein 1 in Plasma Associates With Prevalent Osteoarthritis and Predicts Future Risk as Well as Progression to Joint Replacements: Results From the UK Biobank Resource. Arthritis Rheumatol. 2023 Apr;75(4):544-552. doi: 10.1002/art.42376. Epub 2022 Dec 28. PMID: 36239377. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36239377/ ·         UKB-PPP website: https://www.ukbiobank.ac.uk/learn-more-about-uk-biobank/news/uk-biobank-launches-one-of-the-largest-scientific-studies  Analysis of UK Biobank proteomics data from cancer patients, with co-authors including Ruth C. Travis, Karl Smith-Byrne, and Joshua R. AtkinsPreprint article: Papier K, Atkins JR, Tong TYN, Gaitskell K, Desai T, Ogamba CF, Parsaeian M, Reeves GK, Mills IG, Key TJ, Smith-Byrne K, Travis RC. Identifying proteomic risk factors for cancer using prospective and exome analyses: 1,463 circulating proteins and risk of 19 cancers in the UK Biobank. medRxiv 2023.07.28.23293330; doi: https://doi.org/10.1101/2023.07.28.23293330. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.28.23293330v1 U-CAN Biobank, a prospective biobank of cancer patient biomaterial in SwedenGlimelius B, Melin B, Enblad G, Alafuzoff I, Beskow A, Ahlström H, Bill-Axelson A, Birgisson H, Björ O, Edqvist PH, Hansson T, Helleday T, Hellman P, Henriksson K, Hesselager G, Hultdin M, Häggman M, Höglund M, Jonsson H, Larsson C, Lindman H, Ljuslinder I, Mindus S, Nygren P, Pontén F, Riklund K, Rosenquist R, Sandin F, Schwenk JM, Stenling R, Stålberg K, Stålberg P, Sundström C, Thellenberg Karlsson C, Westermark B, Bergh A, Claesson-Welsh L, Palmqvist R, Sjöblom T. U-CAN: a prospective longitudinal collection of biomaterials and clinical information from adult cancer patients in Sweden. Acta Oncol. 2018 Feb;57(2):187-194. doi: 10.1080/0284186X.2017.1337926. Epub 2017 Jun 20. PMID: 28631533. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28631533/  Galleri GRAIL test, a blood-based test that detects a biosignature shared by over 50 cancer types: https://grail.com/galleri-test/  Genotype-Tissue Expression (GTEx) project, a biobank and open-access database to study tissue-specific gene expression and regulation: https://www.gtexportal.org/home/ Human Protein Atlas (HPA), a Swedish-based program with the aim to map all human proteins using an integration of various omics technologies and provide these data freely available to the scientific community: https://www.proteinatlas.org/   Would you like to subscribe to the podcast on your favorite player or app? You can do so here:  Apple Podcasts: https://apple.co/3T0YbSm  Spotify Podcasts: https://open.spotify.com/show/2sZ2wxO...  Google Podcasts: https://podcasts.google.com/feed/aHR0...  Amazon Music: https://music.amazon.com/podcasts/d97...  Podcast Addict: https://podcastaddict.com/podcast/409...  Deezer: https://www.deezer.com/show/5178787  Player FM: https://player.fm/series/series-3396598   In case you were wondering, Proteomics in Proximity refers to the principle underlying Olink Proteomics assay technology called the Proximity Extension Assay (PEA), and more information about the assay and how it works can be found here: https://bit.ly/3Rt7YiY  For any questions regarding information Olink Proteomics, please email us at info@olink.com or visit our website: https://www.olink.com/ WHAT IS PROTEOMICS IN PROXIMITY?Proteomics in Proximity discusses the intersection of proteomics with genomics for drug target discovery, the application of proteomics to reveal disease biomarkers, and current trends in using proteomics to unlock biological mechanisms. Co-hosted by Olink's Dale Yuzuki, Cindy Lawley and Sarantis Chlamydas.

Ett enda blodprov kan avslöja tolv vanliga cancrar, som bröst-, prostata- och lungcancer. Men även tjocktarmscancer och flera blodcancrar. Även för typiska kvinnocancrar tas nu ett särskilt test fram. Lyssna på alla avsnitt i Sveriges Radio Play. Forskare i Sverige har med hjälp av artificiell intelligens, AI, skapat en modell för hur proteiner uttrycks för tolv vanliga cancrar. Med hjälp av prover från svenskar som har fått olika cancrar har programmet lärt sig vad som är särskiljande för de olika cancrarna. Bland tusentals proteiner har några få proteiner sållats fram för de olika cancertyperna.Hoppas kunna använda för cancerscreeningMathias Uhlén, som är professor i bioteknik vid KTH, hoppas att det här ska kunna användas för att upptäcka vilka personer som har cancer innan de har fått några symptom, alltså ett system med screening.Idag finns screening med mammografi för bröstcancer, PSA-test för prostatacancer och avföringsprov och koloskopi för tjocktarmscancer. Men med den här typen av blodtest skulle cancrar kunna upptäckas snabbare, menar han.Risk att felaktiga cancerbesked gesMen Martin Eklund, professor i epidemiologi, menar att det finns en stor risk att den här typen av screening skulle skapa många falska positiva svar, att personer som inte har cancer ändå skulle få cancerbesked.Här är cancrarna som blodprovet hittarTotalt handlar det om bröst- och prostata- och lungcancer, hjärncancern gliom, flera blodcancrar som akut myeloisk leukemi, diffus storcellig B-cellslymfom, kronisk lymfatisk leukemi och myelom samt tjocktarmscancer, äggstockscancer och livmoderhalscancer. Även endometrios. Det visar forskarna från Sverige i en studie i Nature Communications som publicerades nyligen.Vaginalvätska för upptäckt av kvinnocancrarFör särskilda kvinnocancrar, som äggstockscancer, livmoderhalscancer och livmodercancer, håller professorn i molekylär genetik vid Uppsala universitet, Ulf Gyllensten, på och utvecklar ett särskilt test med vaginalvätska. Det ska enkelt kunna tas i hemmet och bland annat hjälpa kirurger att avgöra vilka med äggstockscancer som verkligen behöver opereras. Medverkar i Vetenskapsradion Hälsa om pan-cancer-screening gör Ann-Margret Svensson, vars tjocktarmscancer upptäcktes efter en kollaps, Martin Eklund som är professor i epidemiologi vid Karolinska institutet, Mathias Uhlén som är professor i biokemi vid KTH samt Ulf Gyllensten, professor i medicinsk molekylärgenetik vid institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet.Programmet sändes första gången 26 jan 2023 Producent och programledare Annika ÖstmanAnnika.Ostman@sverigesradio.se

Ett enda blodprov kan avslöja tolv vanliga cancrar, som bröst-, prostata- och lungcancer. Men även tjocktarmscancer och flera blodcancrar. Även för typiska kvinnocancrar tas nu ett särskilt test fram. Forskare i Sverige har med hjälp av artificiell intelligens, AI, skapat en modell för hur proteiner uttrycks för tolv vanliga cancrar. Med hjälp av prover från svenskar som har fått olika cancrar har programmet lärt sig vad som är särskiljande för de olika cancrarna. Bland tusentals proteiner har några få proteiner sållats fram för de olika cancertyperna.Hoppas kunna använda för cancerscreeningMathias Uhlén, som är professor i bioteknik vid KTH, hoppas att det här ska kunna användas för att upptäcka vilka personer som har cancer innan de har fått några symptom, alltså ett system med screening.Idag finns screening med mammografi för bröstcancer, PSA-test för prostatacancer och avföringsprov och koloskopi för tjocktarmscancer. Men med den här typen av blodtest skulle cancrar kunna upptäckas snabbare, menar han.Risk att felaktiga cancerbesked gesMen Martin Eklund, professor i epidemiologi, menar att det finns en stor risk att den här typen av screening skulle skapa många falska positiva svar, att personer som inte har cancer ändå skulle få cancerbesked.Här är cancrarna som blodprovet hittarTotalt handlar det om bröst- och prostata- och lungcancer, hjärncancern gliom, flera blodcancrar som akut myeloisk leukemi, diffus storcellig B-cellslymfom, kronisk lymfatisk leukemi och myelom samt tjocktarmscancer, äggstockscancer och livmoderhalscancer. Även endometrios. Det visar forskarna från Sverige i en preprint som ännu inte granskats av experter i tidskriften Nature. Vätska för kvinnocancrarFör särskilda kvinnocancrar, som äggstockscancer, livmoderhalscancer och livmodercancer, håller professorn i molekylär genetik vid Uppsala universitet, Ulf Gyllensten, på och utvecklar ett särskilt test med vaginalvätska. Det ska enkelt kunna tas i hemmet och bland annat hjälpa kirurger att avgöra vilka med äggstockscancer som verkligen behöver opereras. Medverkar i Vetenskapsradion Hälsa om pan-cancer-screening gör Ann-Margret Svensson, vars tjocktarmscancer upptäcktes efter en kollaps, Martin Eklund som är professor i epidemiologi vid Karolinska institutet, Mathias Uhlén som är professor i biokemi vid KTH samt Ulf Gyllensten, professor i medicinsk molekylärgenetik vid institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet. Producent och programledare Annika ÖstmanAnnika.Ostman@sverigesradio.se

Gäst i veckans podd är Mathias Uhlén, professor i mikrobiologi vid KTH och gästprofessor vid Karolinska institutet. Han är sedan 2003 aktiv inom forskningsprojektet Human Protein Atlas som syftar till att kartlägga människans cirka 20 000 gener och proteiner. Human Protein Atlas består av 15 miljoner webbsidor, en form av wikipedia för människans byggstenar, och är idag en av de tre största biologiska databaserna i världen. Hur ser Uhléns fortsatta forskning ut idag? Och hur kom det sig att han fick förvalta en enorm summa Wallenbergpengar för forskning?

Though it's been nearly 20 years since the Human Genome Project provided a blueprint for human biology, it still left much work to be done to understand health and disease at a molecular level. The Sweden-based Human Protein Atlas, which is seeking to map human proteins in cells, tissues, and organs, recently published significant updates to the open-access resource. We spoke to Mathias Uhlén, director of the Human Protein Atlas, about how the atlas is changing the diagnosis and treatment of disease, what's known about the human proteome to date, and how this understanding will be essential to brining about an era of precision medicine.

Patric och Johan tar en kopp kaffe/te och pratar med gästerna Lisa Bäckman och Lisa Ericsson om ”KTH Innovation Award” som delas ut till personer med koppling till KTH som genom nyskapande innovationer bidragit till ett bättre samhälle.  Priset instiftades 2020 och möjliggjordes av donationer från Spotifys vd och grundare Daniel Ek och Mathias Uhlén, professor på KTH.  I samtalet pratar vi om bakgrunden till priset samt vilka kriterier som gäller för att kunna bli den som mottar priset 2022.

I dagarna anländer 53 000 blodprover från brittiska UK Biobank till Uppsala. I proverna ska proteiner spåras upp med en teknik som man hoppas kan ge bland annat enkla diagnosmetoder. Inte alla proteiner som färdas i vårt blod ska vara där. De kan vara ett tecken på sjukdom. Men där finns också önskvärda proteiner till exempel de som har till uppgift att se till att blodet koagulerar när det ska det, och antikropparna som ligger på lur mot smittor. Alla kan de vara intressanta för den som ska upptäcka en sjukdom eller under en behandling. Nu kommer plasma, en del av blodprover, från den brittiska biobanken UK Biobank till Uppsala. De många proverna är kopplade till mycket data om personerna de kommer ifrån, vilket ger möjlighet att tolka den information om proteiner i proverna som företaget Olink tar fram med en teknik utvecklad i Uppsala. Programledare: Camilla Widebeck camilla.widebeck@sverigesradio.se Producent: Peter Normark peter.normark@sverigesradio.se Medverkande: Ulf Landegren/professor emeritus i molekylärmedicin vid Uppsala Universitet, Mathias Uhlén/professor i mikrobiologi Kungliga Tekniska Högskolan.

 SHORT versionI det här avsnittet möter jag Mathias Uhlán, avdelningschef på ELU. ELU är en av landets ledande projektörer inom bygg- och anläggnings­sektorn och är ett bolag med minst sagt många intressanta projekt i bagaget. År 2010 gick Mathias in som avdelningschef och har idag hand om ca 45 medarbetare inom Anläggningsavdelningarna i Göteborg och Malmö. Sedan han började har han varit involverad i många stora och intressanta infrastruktur- och anläggningsprojekt, allt ifrån Slussen i Stockholm till vattentorn i Helsingborg till Nya Hisingsbron i Göteborg! I dagens avsnitt går vi in på bl.a. projekterfarenheter, arbetssätt inom ELU och viktiga lärdomar. Givetvis berör vi även in på ledarskap och hållbarhet.Vad gäller digitalisering finns verktyg, det gäller att sprida kunskaper när det kommer till bland annat användandet av modeller och att ta tillvara på all information som finns i dem, både i produktion och vidare i förvaltningsskedet.När det kommer till hållbarhet har ELU verktyg för att ta fram t.ex. avtrycket med avseende på koldioxid för olika typer av konstruktionslösningar, men saknar den där riktiga efterfrågan.Vill ni följa ELU:s spännande projekt i Göteborg kan ni gå in och följa @anewgothenburg på Instagram – kan rekommenderas.Ifall ni har några frågor eller vill komma i kontakt med Mathias skickar jag med hans kontaktuppgifter härTelefon: 031-339 3208Mail: mathias.uhlan@elu.seInstagram, privat - @fotograf.uhlan

I det här avsnittet möter jag Mathias Uhlán, avdelningschef på ELU. ELU är en av landets ledande projektörer inom bygg- och anläggnings­sektorn och är ett bolag med minst sagt många intressanta projekt i bagaget. År 2010 gick Mathias in som avdelningschef och har idag hand om ca 45 medarbetare inom Anläggningsavdelningarna i Göteborg och Malmö. Sedan han började har han varit involverad i många stora och intressanta infrastruktur- och anläggningsprojekt, allt ifrån Slussen i Stockholm till vattentorn i Helsingborg till Nya Hisingsbron i Göteborg! I dagens avsnitt går vi in på bl.a. projekterfarenheter, arbetssätt inom ELU och viktiga lärdomar. Givetvis går vi även in på ledarskap, digitalisering och hållbarhet.Vad gäller digitalisering finns verktyg, det gäller att sprida kunskaper när det kommer till bland annat användandet av modeller och att ta tillvara på all information som finns i dem, både i produktion och vidare i förvaltningsskedet.När det kommer till hållbarhet har ELU verktyg för att ta fram t.ex. avtrycket med avseende på koldioxid för olika typer av konstruktionslösningar, men saknar den där riktiga efterfrågan.Vill ni följa ELU:s spännande projekt i Göteborg kan ni gå in och följa @anewgothenburg på Instagram – kan rekommenderas.Ifall ni har några frågor eller vill komma i kontakt med Mathias skickar jag med hans kontaktuppgifter härTelefon: 031-339 3208Mail: mathias.uhlan@elu.seInstagram, privat - @fotograf.uhlan

För att vara ett litet land satsar Sverige stort på forskning. Men vilken sorts satsningar vill forskarna själva ha? På senare år har det tillkommit en ny sorts storsatsningar inom svensk forskning. Resurser läggs på att skapa och driva stora avancerade anläggningar eller forskningsmiljöer med mycket dyrbar utrustning. Kritikerna menar att dessa dyra satsningar tar medel och fokus från andra forskare. Med: Isabella Broderick, forskarintresserad gymnasieelev, Maria Tenje, docent i mikrosystemteknik vid Uppsala universitet och ordförande i Sveriges unga akademi, Mathias Uhlén, professor vid Kungliga tekniska högskolan och Karolinska institutet i Stockholm, Mats Benner, professor i forskningspolitik vid Lunds universitet. Sara Sällström sara.sallstrom@sverigesradio.se

Vad krävs för att en pippi ska trivas i holken? Det tar vi reda på i Veckomagasinet som också handlar om katastrofpsykiatri och effekter av USA:s forskningsbudget. Efter lastbilsattacken i Stockholm och efter den stora bussolyckan i Hälsingland pratar vi mycket om akut psykologiskt stöd för dem som varit med. Men det är viktigt att vi inte slutar bry oss efter ett tag eftersom psykologiska effekter efter otäcka händelser kan sitta i väldigt länge. I USA har president Donald Trump lagt fram förslag på att det medicinska institut som delar ut mest pengar ska spara. Om förslaget går igenom skulle det innebära att nydanande forskning i USA skulle pausas i upp till en tio års tid, säger genetikprofessor Mathias Uhlén vid SciLifeLab och KTH. Våren börjar anlända så smått, liksom vårfåglarna som gärna flyttar in i holkar. Vad behöver man tänka på när en holk ska sättas upp? Och gör fågelholkarna egentligen någon nytta? Programledare är Lena Nordlund.

Från att ha varit något muskelbyggarna smusslade med, så är nu proteinet på allas läppar. Men behöver vi verkligen vara oroliga för att inte få i oss tillräckligt med protein? Och kan man överdosera? Trenden att äta protein är tydlig, i var och varannan kiosk kan man köpa proteinbars och i livsmedelsbutikerna finns allt från frukostflingor till vatten med tillsatt protein. Jag försöker få i mig två gram protein per kilo kroppsvikt varje dag. Ska jag bara äta mat blir det målet svårt att uppnå så därför äter jag proteintillskott. Det säger Johan Strende som tränar på ett gym i Karlstad.Ämnet protein är också högst aktuellt inom medicinforskningen. Forskningsprojektet Proteinatlasen som presenterades 2014 har kartlagt människans alla proteiner och nu börjar det komma resultat från medicinforskare som använt sig av den här atlasen. I studion Mathias Uhlén, professor i mikrobiologi KTH, William Apró, näringsfysiolog och forskare på GIH, samt Ingela Stenson, omvärldsanalytiker. Programledare är Ulrika Hjalmarson Neideman.

Lena Olving, vd Mycronic, är nyfiken på hur KTH-professorn i bioteknik Mathias Uhlén klarar av att kombinera cutting edge forskning med att också vara serie-entreprenör. Mathias krossar myten om att Sverige skulle vara bra på grundforskning men sämre på att göra affärer av forskningsresultaten. De båda diskuterar hur vi ska få fler civilingenjörer, inte minst kvinnliga, och Lena levererar ett önskemål till höstens forskningsproposition: En tydligare propp där det framgår hur den svenska forskningen också kan bli svenska affärer.

Kina är på väg att ta ledningen kring att kartlägga alla proteiner vi har i kroppen och kineserna ökar sin forskningsbudget med 20 procent årligen. Nu ligger de på plats nummer två i antalet publicerade vetenskapliga artiklar. Vad gäller kvalitén ligger Kina dock på omkring plats 13, men inom vissa ämnesområden som materialvetenskap är de extremt starka. Det berättar Annika Östman som är på väg till Kina som en del i Vetenskapsradions satsning på "De nya forskningsländerna" Professorn i mikrobiologi Mathias Uhlén på KTH i Stockholm säger att han varje gång han kommer till Kina blir lika inspirerad som när han besöker topp-universiteten Stanford eller Harvard i USA, och han tror att det bara dröjer några år innan de är bland topp tre även kvalitetsmässigt. I söndags åkte regissören till storfilmen Titanic, James Cameron, ner till botten av jordklotets djupaste hav, Marianergraven, öster om Filipinerna. Det är första gången sedan 1960-talet som en människa åker ner dit. James Camerons andra storfilm, Avatar, utspelar sig i rymden och det finns forskningsmässiga samband mellan djupa hav och förutsättningar för liv på andra planeter. På Stockholms universitet finns sedan i höstas ett astrobiologiskt centrum där man förenar bland annat marin geokemi och astronomi. Nils Holm, professor i marin geokemi, intervjuas av Hanna Westerlund. De marina däggdjuren, valar och sälar, ökar i världen. Det kan leda till ökad konkurrens med fisket. För hundra år sedan fanns gott om gråsäl i Östersjön, men på grund av hård jakt och miljögifter minskade gråsälen kraftigt. På 70-talet fanns inte många gråsälar kvar. Sedan dess har de återhämtat sig och nu finns det runt 30.000 gråsälar i Östersjön och sälarna äter lokalt ungefär lika mycket torsk, sik, lax, öring och ål som yrkesfiskarna fångar. Det visar biologen Karl Lundström i sin doktorsavhandling på Göteborgs universitet. I veckans vetenskapsnyheter berättade vi om Linköpingsforskare som försöker göra ett batteri av trä. Vetenskapsradions Ulrika Björkstén förklarar varför vi valde att publicera just den nyheten i den strida ström av ny batteriforskning som publiceras i vetenskapliga tidskrifter.