Podcasts about calpain

Link to bioRxiv paper: http://biorxiv.org/cgi/content/short/2023.07.16.549200v1?rss=1 Authors: Yan, J., Lan, W., Yang, Q., Yang, Q., He, X., Dong, Y., Hu, Z., Jiao, K., Paquet-Durand, F. Abstract: Inherited retinal degeneration (IRD) refers to a group of untreatable blinding diseases characterized by a progressive loss of photoreceptors. IRD pathology is often linked to an excessive activation of cyclic nucleotide-gated channels (CNGC) leading to Na+- and Ca2+-influx, subsequent activation of voltage-gated Ca2+-channels (VGCC), and further Ca2+ influx. However, whether and how exactly intracellular Ca2+ overload contributes to photoreceptor degeneration is still controversial. Here, we used whole-retina and single-cell RNA-sequencing to compare gene expression between the rd1 mouse model for IRD and wild-type (wt) mice. Differentially expressed genes were linked to several Ca2+-signalling related pathways. To explore this further, organotypic retinal explant cultures derived from rd1 and wt mice were treated with the intracellular Ca2+-chelator BAPTA-AM and with inhibitors for different Ca2+-permeable channels, including CNGC, L-type VGCC, T-type VGCC, Ca2+-release-activated channel (CRAC), and Na+/Ca2+ exchanger (NCX). Moreover, we employed the compound NA-184 to selectively inhibit the Ca2+-dependent protease calpain-2. The overall activity of poly(ADP-ribose) polymerases (PARPs), sirtuin-type histone-deacetylases, calpains, as well as the activation of calpain-1, and -2 were analysed in situ on retinal tissue sections. Cell viability was assessed via the TUNEL assay. While rd1 photoreceptor cell death was reduced by BAPTA-AM, the effects of Ca2+-channel blockers were ambiguous, with T-type VGCC and NCX inhibition showing protection, while blocking CNGC and CRAC was detrimental. Activity of calpains and PARPs generally followed similar trends as cell death. Remarkably, sirtuin activity and calpain-1 activation was associated with photoreceptor protection, while calpain-2 activity was linked to degeneration. Accordingly, the calpain-2 inhibitor NA-184 protected rd1 photoreceptors. Together, these results indicate that Ca2+ overload in rd1 photoreceptors may be triggered by T-type VGCC in conjunction with NCX. High Ca2+-levels likely suppress the protective activity of calpain-1 and promote neurodegeneration via activation of calpain-2. Our study details the complexity of Ca2+-signalling in photoreceptors and emphasizes the importance of identifying and targeting degenerative processes to achieve a therapeutic benefit for IRD. Copy rights belong to original authors. Visit the link for more info Podcast created by Paper Player, LLC

Link to bioRxiv paper: http://biorxiv.org/cgi/content/short/2023.03.06.531406v1?rss=1 Authors: Hao, B., Beningo, K. A. Abstract: Traction force and mechanosensing (the ability to sense mechanical attributes of the environment) are two important factors used by a cell to modify behavior during migration. Previously it was determined that the calpain small subunit, calpain 4, regulates the production of traction force independent of its proteolytic holoenzyme. A proteolytic enzyme is formed by calpain4 binding to either of its catalytic partners, calpain 1 and 2. To further understand how calpain 4 regulates traction force, we used two-hybrid analysis to identify more components of the traction pathway. We discovered that basigin, an integral membrane protein and a documented matrix-metalloprotease (MMP) inducer binds to calpain 4 in two-hybrid and pull-down assays. Traction force was deficient when basigin was silenced in MEF cells, and defective in substrate adhesion strength. Consistent with Capn4-/- MEF cells, the cells deficient in basigin responded to localized stimuli. Together these results implicate basigin in the pathway in which calpain 4 regulates traction force independent of the catalytic large subunits. Copy rights belong to original authors. Visit the link for more info Podcast created by Paper Player, LLC

Len and Michael ask the doctor's opinion on the United States reaching over 1,000,000 people who have died COVID.

Link to bioRxiv paper: http://biorxiv.org/cgi/content/short/2020.07.24.219121v1?rss=1 Authors: Wang, L.-H., Lin, Y.-M., Lin, C.-Y., Chern, Y., Wang, G.-S. Abstract: The Muscleblind-like (MBNL) protein family plays an important role in regulating developmental RNA processing transition. Loss of MBNL2 function has been implicated in the neurodegeneration of myotonic dystrophy type 1 (DM1). However, the causal mechanism of neurodegeneration-induced MBNL2 loss of function remains elusive. Here, we show that neurodegenerative conditions including NMDAR-mediated excitotoxicity and dysregulated calcium homeostasis triggered nuclear translocation of calpain-2 resulting in MBNL2 degradation and reversion of MBNL2-regulated RNA processing to developmental patterns. The developmental stage featured nucleus-enriched distribution of calpain-2 and low expression of MBNL2. Increased MBNL2 expression during development is required for promoting developmental RNA processing transition and neuronal maturation. Knockdown of calpain-2 expression inhibited neurodegeneration-induced MBNL2 reduction and dysregulated RNA processing. Neurodegenerative disease mouse models including DM1 and Alzheimer's disease showed nuclear translocation of calpain-2 associated with MBNL2 degradation and reversion of MBNL2-regulated RNA processing to the developmental pattern. Our results identify a novel regulatory mechanism for MBNL2 downregulation and suggest that reduced MBNL2 expression accompanied by the re-induction of a developmental RNA processing program may be a common feature of neurodegeneration. Copy rights belong to original authors. Visit the link for more info

Jen and John talk with their friend, Clifton Lewis, about living alone and what actions one should take to live safely. Oh, and Cliff is also raising 2 kids under the age of 6 by himself! Cliff shares some tips that will help you if you find yourself in this situation.  ______________________________ Connect with the show: Visit website Subscribe on YouTube Email: BLLjenjohn@gmail.com Connect with Clifton Lewis: Connect on Instagram @crlgoodlife Visit website Email: clewis@crlgoodlife.org ______________________________ "Desire to Inspire" TKG

In episode 4, Jen and John interview Jen's husband, Keith, on how he sees LGMD and what it's like caring for someone he loves.    John's website: Beyond Labels & Limitations John's YouTube page: John Graybill II Stand Aid Link: Stand Aid Email: BLLjenjohn@gmail.com "Desire to Inspire" TKG

Recorded on May/13/2017 ========== In today’s episode of The MBS Show, we are joined by our good old friend Calpain from EQD. Join us as we talk and discuss about the MLP news of the week and listen in to our discussion on how to prepare for a convention. It's going to be an awesome episode!!! ========== Credits Intro/Outro Music Title: The MBS Show Theme Song Artist: Andrew “Mandopony” Stein

Recorded on May/06/2017 ========== In today’s episode of The MBS Show, we are joined by our good old friend Calpain from EQD. Join us as we talk and discuss about the MLP news of the week and listen in to our discussion on how to prepare for a convention. It's going to be an awesome episode!!! ========== Credits Intro/Outro Music Title: The MBS Show Theme Song Artist: Andrew “Mandopony” Stein

Recorded on October/31/2015In today’s episode of The MBS Show we have an awesome guest. He is one of the admins for the most popular MLP news aggregate sites and an all around awesome guy. Today we are join by Calpain of EQD, we'll talk to him about his work for his other blog "Beach City Bugle", the pony news for this week and potato.==========CreditsIntro/Outro MusicTitle: The MBS Show Theme SongArtist: Andrew “Mandopony” Stein

Recorded on March/17/2013In today’s episode of “The MBS Show” we have Calpain from EQD. What does he have to offer this time round? Well how about an exclusive Q&A about the premiere of EQD Music, the EQD mobile app for iOS and Android and we get to talk to him about a certain drawing.==========CreditsIntro MusicTitle: RunArtist: William AndersonOutro MusicTitle: A Summer In the StarsArtist: Forest Rain

Recorded on January/15/2012In today’s episode of “The MBS Show” we have an awesome guest. We have one of the bloggers that contribute to one of the most popular My Little Pony blogs ever, we are proud to introduce to you Calpain of EQD. Join us in this episode as we ask him about how did he got involve with EQD and how does a scientist pony enjoy “multicolor equine”.==========CreditsIntro MusicTitle: The Apple Sisters Working TogetherArtist: William AndersonOutro MusicTitle: KindnessArtist: AcoustiMandoBrony

DPC, This week Sandy, Scope and I had along Calpain of EQD and the new Beach City Bugle. We talked a good deal about matters like Steven Universe, frightening Rainbow Dash mutant toys, and EVE talk because I CANT STOP … Continue reading →

Despite what Artfan may think, we're still the Pony 411 Podcast! This week, we talk about when season 3 might air, Oppan Gangnam style shirts at We Love Fine, new toys, exercise, a potential movie (hype get), and more! We then go right back to season 3 discussion and talk about what we want to see happen, because we're just as anxious as everyone else about it. Story arcs! Villains! John de Lancie! Twilight x Twilight?! It gets interesting. Four String scored quite the interview, with none other than Equestria Daily staffer Calpain! Listen in for some behind-the-scenes details about the the inner workings of EqD! Finally we talk about some fan content, including some artwork and music. No fanfiction yet again, because Artfan was buried under a mountain of complaints about Apple Maps. Nemesis is forcefully taking fanfiction over next week. God help us all. Please send feedback to us on Twitter @Pony411 or at pony411podcast@gmail.com. P.S. The intro, outro, and interludes are from At the Gala in C Minor by ApocalypsePenguin: http://www.youtube.com/watch?v=xQQRcEXaSaw Episode links here: http://pony411.libsyn.com/episode-6-links

Activity-based mass spectrometric characterization of proteases and inhibitors in human saliva, Large-scale proteomic analysis of tyrosine-phosphorylation induced by T-cell receptor or B-cell receptor activation reveals new signaling pathways, Calpain-truncated CRMP-3 and -4 contribute to potassium deprivation-induced apoptosis of cerebellar granule neurons

Activity-based mass spectrometric characterization of proteases and inhibitors in human saliva, Large-scale proteomic analysis of tyrosine-phosphorylation induced by T-cell receptor or B-cell receptor activation reveals new signaling pathways, Calpain-truncated CRMP-3 and -4 contribute to potassium deprivation-induced apoptosis of cerebellar granule neurons

Die Pathogenität von enteropathogenen Yersinien-Spezies wird von einem Virulenzplasmid pYV kodiert. Das pYV kodiert für den Typ-III-Sekretions-/Translokationsapparat und die Yops. Sechs Yop-Effektorproteine sind bekannt, die in die eukaryote Zelle transloziert werden: YopE, YopH, YopM,YopO/ YpkA, YopP/ YopJ und YopT. Die intrazellulären Angriffspunkte und Wirkungen der einzelnen Yops auf die Zielzelle sind Gegenstand aktueller Forschung. In dieser Arbeit wurden erstmals systematisch potentielle Zytoskelettveränderungen von Thrombozyten durch Inkubation mit Yersinia-Monosekretionsmutanten YopH, YopE, YopO, YopP, YopM und den Yersinia-Monodeletionsmutanten DeltaYopH, DeltaYopE, DeltaYopT, DeltaYopO und DeltaYopM untersucht. Im zeitlichen Verlauf adhärieren uninfizierte Thrombozyten durch eine Zunahme der Fläche durch Ausbildung von Filopodien und Lamellipodien. In den durchgeführten Experimenten ähneln die mit der YopP-Monosekretionsmutante inkubierten Thrombozyten uninfizierten Thrombozyten, d.h. YopP zeigt als Einziges der untersuchtes Yops keinen Einfluss auf das Zytoskelett. Mit der YopH, YopM, YopE bzw. YopO-Monosekretionsmutante inkubierte Thrombozyten zeigen kleinere Zellflächen und eine Dominanz von abgerundeten Zellen. Dies deutet auf eine schlechtere Adhäsion der Zellen an der extrazellulären Matrix hin. In mit WA-C(pTRANS,pCJYM-HA) infizierten HeLa-Zellen konnte YopM zunächst im Zytosol, nach 2-4h Infektion zusätzlich im Zellkern lokalisiert werden. Ausserdem zeigten mit WAC(pTRANS,pCJYM-HA) infizierte HeLa-Zellen Zytoskelettveränderungen: ein ungeordnetes Zytoskelett mit Vakuolen, vereinbar mit einer Ablösung der Zelle von der Matrix. Kaya et al. konnten im Affinitätsblot in vitro eine Interaktion von YopM mit der intrazellulären Cystein-Protease Calpain zeigen. Wegen der morphologischen Ähnlichkeit zwischen mit WA-C(pTRANS,pCJYM) inkubierten bzw. mit Calpeptin, einem Calpain-Inhibitor, inkubierten Thrombozyten wurde die von Kaya et al. dargestellte Interaktion zwischen YopM und Calpain in vivo in dieser Arbeit überprüft. Die Präzipitationsversuche aus infizierten HeLa-Zellen über Calpain sowie über YopM ergaben keinen Hinweis auf eine Interaktion von YopM und Calpain. McDonald et al. publizierten RSK 1 und PRK 2 als intrazelluläre Interaktionspartner von YopM. Funktionelle Studien über die Proteine RSK 1 und PRK 2 lassen darauf schließen, dass sie regulierende Einflüsse auf das Zytoskelett, die Translation und das Zellüberleben haben. Diese Funktionen und die beobachteten Einflüsse von YopM auf das Zytoskelett der Zielzelle sind mit einem Modell vereinbar, in dem YopM die Zytoskelettveränderungen durch Interaktion mit RSK 1 und PRK 2 hervorrufen könnte. Diese Hypothese muss durch zukünftige Forschungen geklärt werden.

Neurodegenerative Polyglutamin (polyQ)-Erkrankungen sind durch neuronalen Zellverlust und die Bildung von intrazellulären Proteinablagerungen (Aggregaten) charakterisiert, deren Rolle nicht exakt geklärt ist. Es wird jedoch davon ausgegangen, daß sie die Pathogenese reflektieren und untrennbar mit dem Erkrankungsprozeß verbunden sind. In dieser Arbeit wurde das polyQ-Protein Ataxin-3 (AT3) untersucht, welches, wenn es einen verlängerten polyQ-Bereich besitzt, die Spinozerebellare Ataxie 3 (SCA3) hervorruft. Mit Hilfe von AT3-Deletionsmutanten wurde gezeigt, daß die Entfernung des N-Terminus von polyQ-verlängertem AT3 zu dessen Aggregation in vitro, in Hefe und in Neuroblastomazellen führt. Entsprechend löst die proteolytische Spaltung von pathologischem Volllängen-AT3 die SDS-resistente Aggregation in vivo aus. Hinweise auf die Calcium-abhängigen Calpaine als AT3-schneidende Proteasen wurden in vitro mit Säugetierzell-Lysaten erhalten. Gereinigtes Calpain II generiert mehrere AT3-Fragmente in vitro, einschließlich C-terminaler Fragmente, die den polyQ-Bereich enthalten. In Zellkultur resultiert die Aktivierung von Calpainen in einer verstärkten AT3-Proteolyse, während eine Inhibition von endogenem Calpain durch Calpeptin oder Calpastatin zu einer verringerten AT3-Spaltung und reduzierter Aggregation in Säugerzellen führt. Zusammenfassend unterstützen diese Daten die "toxic fragment"-Hypothese, die als Voraussetzung für Pathogenese und Aggregation von polyQ-Proteinen deren proteolytische Spaltung postuliert. Toxizität der polyQ-Proteine soll unter anderem aus der Rekrutierung von anderen zellulären Proteinen wie Transkriptionsfaktoren, Chaperonen, Ubiquitin und Proteasomen in die polyQ-Aggregate resultieren. Obwohl Wildtyp-AT3 nicht selbständig aggregiert, koaggregiert es mit polyQ-verlängertem AT3-Fragment, was mit einer verringerten AT3-Konzentation in der Zelle korreliert. Einer Konformationsänderung des Wildtyp-AT3, induziert von pathologischem polyQ, folgt in vitro eine Rekrutierung in frühe Aggregationsintermediate und letztendlich die Integration in stabile Koaggregate. Weitere Experimente zeigten, daß die Expression der molekularen Chaperone (Hitzeschockproteine) Hsp70 und Hsp40 zusammen mit polyQ-verlängertem AT3-Fragment die Aggregation vermindert und den proteasomalen AT3-Abbau in vivo verstärkt. Das Chaperon p97 (VCP) zeigt eine konzentrationsabhängige Modulation der Aggregation in vitro. Schließlich konnte in der vorliegenden Arbeit gezeigt werden, daß eine Veränderung der zellulären Lokalisation durch Fusion von AT3-Konstrukten mit Kernlokalisations- und Kernexportsignalen keinen Einfluß auf die Aggregationsfähigkeit in Neuroblastomazellen hat. Das putative endogene Kernlokalisationssignal von AT3 mit der Sequenz RKRR (282-285) wurde nicht verifiziert.

Die Dysferlinopathie ist eine Erkrankung aus dem Formenkreis der Gliedergürtel-Muskel-dystrophien. Sie wird verursacht durch autosomal-rezessiv vererbte Mutationen, die drei klinisch heterogene Phänotypen verursachen können: Die Gliedergürtel-Muskeldystrophie Typ 2B (LGMD2B), die Miyoshi Myopathie (MM) und die distale anteriotibiale Myopathie (DMAT). Betroffen sind initial dementsprechend unterschiedliche Muskelgruppen. Um ein zuverlässiges Diagnosesystem zu etablieren und einen Beitrag zur klinischen und therapeutischen Bedeutung der molekularen Diagnostik sowie zum Verständnis der Pathophysiologie der Erkrankung zu leisten, wurden 17 Patienten untersucht. Bei sechs Patienten wurden bei der molekulargenetischen Diagnostik Mutationen des Dysferlin-Gens gefunden. Diese Ergebnisse wurden mit den Befunden von klinischen und technischen Untersuchungen sowie der Proteindiagnostik von Dysferlin und den möglichen Interaktionspartnern Caveolin-3 und Calpain-3 korreliert. Bei fünf dieser sechs Patienten konnte die Diagnose einer Dysferlinopathie gestellt werden, bei zehn Patienten wurde die Erkrankung ausgeschlossen, in zwei Fällen gelang weder der sichere Ausschluss noch der Nachweis einer Dysferlinopathie. Hinsichtlich der Proteininteraktionen des Dysferlin konnte im Rahmen der durchgeführten Proteindiagnostik ein deutlicher Hinweis für eine Interaktion mit den Proteinen Caveolin-3 und Calpain-3 erbracht werden. Welchen genauen Charakter die Interaktion zwischen Dysferlin und Caveolin-3 und Calpain-3 hat, muss noch weiter erforscht werden, denn feste "regelhafte" Auswirkungen der hier gefundenen Dysferlin-Mutationen z.B. auf den Phänotyp der Erkrankung konnten in dieser Arbeit nicht festgestellt werden. In diesem Kontext muss auch die Rolle von Mutationen noch weiter aufgeklärt werden, die in den C2-Domänen zu liegen kommen. Diesbezüglich können die hier dargestellten Ergebnisse zusammen mit den Daten zukünftiger Studien zur pathogenetischen Klärung beitragen. Es konnte die diagnostische Eignung der hier beschriebenen molekulargenetischen Untersuchung bei dieser heterogenen Erkrankung gesichert und darüber hinaus ein Beitrag zum pathophysiologischen Verständnis der Erkrankung hinsichtlich der Bedeutung der C2-Domänen des Dysferlins und der Proteininteraktionen geleistet werden. Die Ergebnisse bieten, neben der Bedeutung für den einzelnen Patienten, eine Grundlage für die weitere Erforschung der Dysferlinopathie.