Podcasts about forschungssoftware

In dieser Folge hören wir Beiträge vom Vorstand des Vereins zur Forschungssoftwareentwicklung deRSE e.V.,  Anna-Lena Lamprecht und der RSE Arbeitsgruppe in der Gesellschaft für Informatik und Bernd Flemisch und Martin Hammitzsch über deren Arbeit im NFDI. Denn, es tut sich so einiges im Bezug auf Forschungssoftware im deutschsprachigen Raum. Interview mit dem deRSE e.V. Vorstand 1'46"Interview mit Anna-Lena Lamprecht (Gesellschaft für Informatik) 22'12"Interview mit Bernd Flemisch und Martin Hammitzsch (NFDI) 39'23"https://fg-rse.gi.de Fachgruppe RSE in der Gesellschaft für Informatikhttps://www.nfdi.de/section-infra/ NFDI Common Infrastructure Sektionen - und da findet Ihr auch den Eintrag für RSEhttps://zenodo.org/records/6483449 Konzeptpapier der Arbeitsgruppehttps://de-rse.org/de/ der deRSE e.V. https://events.hifis.net/event/994/overview die Konferenz Webseite für deRSE Konferenz in Würzburg 5. - 7. März 2024Support the Show.Thank you for listening and your ongoing support. It means the world to us! Support the show on Patreon https://www.patreon.com/codeforthought Get in touch: Email mailto:code4thought@proton.me UK RSE Slack (ukrse.slack.com): @code4thought or @piddie US RSE Slack (usrse.slack.com): @Peter Schmidt Mastadon: https://fosstodon.org/@code4thought or @code4thought@fosstodon.org LinkedIn: https://www.linkedin.com/in/pweschmidt/ (personal Profile)LinkedIn: https://www.linkedin.com/company/codeforthought/ (Code for Thought Profile) This podcast is licensed under the Creative Commons Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/

In dieser Folge spricht Jonathan mit Daniel Jettka, einem der Convenor*innen der DHd-AG Research Software Engineering in den Digital Humanities. Auch für diese Arbeitsgruppe spielt das Tagungsthema der DHd2023 “Open Humanities, Open Culture” eine zentrale Rolle: In Bezug auf die Entwicklung von Forschungssoftware lässt sich Offenheit einmal in Bezug auf den Gegenstand, nämlich Software und Code, denken und zum anderen in Bezug auf die Prozesse der Entwicklung. Hieran schließen sich auch Versuche der Offenlegung der Karrierewege von Research Software Engineers in den DH an, die sowohl in Forschungsprojekten, als auch was die Ausbildung und Karrierewege betrifft, einen besonderen Status bei der AG haben. Hierfür will die Arbeitsgruppe vernetzen und zum Wissenstransfer einladen. Eine Maßnahme vor dem Hintergrund dieser Zielsetzung ist der Workshop der AG auf der DHd2023 mit dem Titel “Offen für Professionalisierung”, in dem es um die Rolle und aber auch externe Rollenvorstellungen von Softwareentwicklerinnen in den DH geht. Diese Professionalität bzw. Professionalisierung lässt sich auch in Beziehung setzen mit dem sich abzeichnenden Wandel im Bewusstsein von fördermittelgebenden Institutionen wie z. B. der DFG, was die Förderung von Forschungssoftware betrifft, aber auch mit der Kultur, die Softwareentwicklerinnen haben und die sich beispielsweise in der Offenlegung von noch unfertigem Code widerspiegelt. Mit ihrem Workshop auf der DHd2023 will die AG ein breites Publikum adressieren und insbesonderen jüngeren Softwareentwickler*innen eine Orientierung in Bezug auf ihre eigenen Karrierestufen und -wege eröffnen. Es sind alle Interessierten herzlich eingeladen!

Autor: Kloiber, Manfred Sendung: Computer und Kommunikation Hören bis: 19.01.2038 04:14

Gudrun spricht mit Hartwig Anzt. Er leitet die Helmholtz-Nachwuchsgruppe Fixed-point methods for numerics at Exascale (FiNE) am SCC. Seine Forschung beschäftigt sich mit numerischer linearer Algebra in modernen Hochleistungsrechnersystemen. Angesichts des explosionsartigen Anstiegs der Hardware-Parallelität erfordert die effiziente Ausführung von Anwendungen auf solchen Systemen eine völlige Neugestaltung der zugrunde liegenden numerischen Methoden. Dieses neue Paradigma muss Implementierungen umfassen, die sich auf die Parallelität auf Knotenebene, ein reduziertes globales Kommunikationsvolumen und abgeschwächte Synchronisationsanforderungen konzentrieren. Hartwig ist Teil des PEEKS und xSDK-Projekts und leitet die Multiprecision-Initiative im US Exascale Computing Project (ECP). Das Ziel dieser Initiative besteht darin, die Nutzung verschiedener arithmetischer Präzisionen in numerische Algorithmen zu erforschen, wodurch viele Algorithmen beschleunigt werden können, ohne dabei Genauigkeit einzubüßen. Hartwigs Forschungsschwerpunkt liegt auf der Entwicklung und Optimierung numerischer Methoden für effizientes Hochleistungsrechnen. Insbesondere interessiert er sich für lineare Algebra für dünn besetzte Matrizen, iterative und asynchrone Methoden, Krylov-Löser und Vorkonditionierung. Die zugrundeliegende Idee besteht darin, numerische Probleme als Fixpunktprobleme umzuformulieren, um höhere Parallelisierungsgrade zu ermöglichen. Die Implementierung der Fixpunktmethoden macht typischerweise starken Gebrauch von (datenparallelen) Batch-Routinen und weist schwache Synchronisationsanforderungen auf. Die Algorithmenforschung wird ergänzt durch Bemühungen, die auf eine nachhaltige Software-Entwicklung in einem akademischen Umfeld und einen gesunden Software-Lebenszyklus abzielen. Ein Ergebnis dieser Bemühungen ist Ginkgo, eine Open Source Softwarebibliothek für numerische lineare Algebra mit dem Fokus auf Löser für dünn besetzte Systeme, die Hartwig ins Leben gerufen hat. Bei dem Stichwort Software-Nachhaltigkeit könnte man an das Vorhandensein eines Continuous Integration (CI)-Frameworks denken, also das Vorhandensein eines Test-Frameworks, das aus Unit-Tests, Integrationstests und End-to-End-Tests besteht (inkl. das Vorhandensein einer Software-Dokumentation). Wenn man jedoch fragt, was der übliche Todesstoß für ein wissenschaftliches Softwareprodukt ist, ist es oft die fehlende Plattform- und Leistungsportabilität. Vor diesem Hintergrund haben Hartwig und seine Gruppe wir Ginkgo-Bibliothek mit dem primären Fokus auf Plattform-Portabilität und der Fähigkeit, nicht nur auf neue Hardware-Architekturen zu portieren, sondern auch eine gute Performance zu erreichen, entwickelt. Die grundlegende Idee beim Design der Ginkgo-Bibliothek ist eine radikale Trennung der Algorithmen von den hardwarespezifischen Dingen. Daneben sprechen Gudrun und Hartwig über die Nutzung von Kalkülen mit geringer Genauigkeit für letztendlich präzise Algorithmen. Die Hardware-Anbieter haben nämlich damit begonnen, spezielle Funktionseinheiten mit geringer Genauigkeit zu entwickeln, um der Nachfrage z.B. der Machine-Learning-Community und deren Bedarf an hoher Rechenleistung in Formaten mit geringer Genauigkeit zu entsprechen. Hartwig konzentriert sich darauf, wie dann Mixed- und Multiprecision-Technologie helfen kann, die Leistung dieser Methoden zu verbessern und findet Anwendungen, die die traditionellen Methoden mit fester Genauigkeit deutlich übertreffen. Literatur und weiterführende Informationen Hartwig Anzt e.a.: Iterative sparse triangular solves for preconditioning European conference on parallel processing, 650-661 (2015). Ginkgo Numerik für lineare Algebra Paket Terry Cojean, Yu-Hsiang -Mike- Tsai, Hartwig Anzt: Ginkgo - A Math Library designed for Platform Portability 2020. Hartwig Anzt e.a.: An Environment for Sustainable Research Software in Germany and Beyond: Current State, Open Challenges, and Call for Action 2020. Podcasts Exascale Computing Project Episode 47: Hartwig Anzt - Developing Multiprecision Algorithms with the Ginkgo Library Project, 2019. Exascale Computing Project - alle Folgen. C. Haupt, S. Ritterbusch: Research Software Engineering, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 208, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2019. S. Janosch, K. Förstner: Forschungssoftware in Deutschland, Open Science Radio, OSR091, 2017. F. Magin: Automated Binary Analysis, Gespräch mit S. Ritterbusch im Modellansatz Podcast, Folge 137, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2017.

Vom 30. Mai - 2. Juni 2019 fand im ZKM und in der Hochschule für Gestaltung (HfG) die GPN19 statt. Dort traf Sebastian auf Carina Haupt, die schon auf der GPN18 von der öffentlich finanzierten Wissenschaft forderte: Publish Your Research! Carina Haupt studierte Informatik an der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg. Aktuell befasst Sie sich wissenschaftlich mit Forschungssoftware, die meist von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern nur geringfügiger Kenntnis von Softwaretechnik oder unter Aspekten von Nachhaltigkeit entwickelt wird, da die Software nur als Mittel zum Zweck gesehen wird. Ziel der Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern ist es schließlich Forschung zu betreiben und nicht Software zu entwickeln. Dabei zeigt die anhaltende Replication Crisis, die darin besteht, dass etliche publizierte wissenschaftliche Arbeiten nicht reproduzierbar sind, und somit alle abgeleiteten Arbeiten auf unsicheren Füßen stehen und eigentlich unter den geänderten Voraussetzungen wiederholt werden müssten. Eine Herausforderung ist, dass für viele Forschende, wie beispielsweise in der Mathematik, oft die Software nur zur Verifikation der eigentlichen wissenschaftlichen Aussagen verwendet wird, und daher eine deutlich geringere Wertschätzung erfährt. Auch wird ein Reputationsverlust befürchtet, wenn die Softwarequalität nicht den Ansprüchen im Kernbereich der Forschung entspricht, so dass oft von einer veröffentlichung des Source Codes und der Daten abgesehen wird. Dabei muss die Offenlegung der verwendeten Verfahren und Daten ein Grundanliegen ernsthafter Forschung sein und eine Kennzeichnung von Software beispielsweise als Proof-of-Concept sollte einen angemessenen Anspruch an die Software sicherstellen. Am Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), leitet Carina eine Gruppe zum Software Engineering und ist dort mit ihren Kolleginnen und Kollegen für 40 Institute an 20 Standorten Ansprech- und Kooperationspartnerin für Softwareentwicklung unter anderem im wissenschaftlichen Umfeld von Luft- und Raumfahrt, Energie und Verkehr. Inzwischen ist dort ihr Enthusiasmus für Open Source, und Forschenden in der Softwareentwicklung zu unterstützen, zu ihrem eigenen Forschungsgebiet geworden. Bevor sie zum DLR kam, war sie beim Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI) im Bereich der Bioinformatik und dem Semantic Web, sowie in der Industrie und nebenberuflich bei der Froscon tätig, bis sie dem Ruf von Andreas Schreiber in ihre aktuelle Gruppe folgte. Um Außenstehenden einen schnellen und sehr unterhaltsamen Einstieg in und wichtige Motivation für das Software Engineering bei der DLR zu bieten, hat sie auf der GPN18 einen Vortrag Software-Fehler in der Raumfahrt: Disintegrating Rockets mit großem Anklang gehalten. Aber kann die Publikation von Forschungsdaten bei Auswirkungen der Replikationskrise wie der Analyse, dass über die Hälfte von Psychologiepapern nicht nachvollzogen werden können, helfen? Auf jeden Fall hätte die Veröffentlichung schon frühere Diskussionen und Verbesserungen der Ergebnisse ermöglicht, da abgeleitete Arbeiten statt der geschriebenen Darstellung auf den echten Daten ihre erweiterten Analysen hätten durchführen können. Soweit die Theorie, praktisch muss man sich eingehend damit befassen, was genau erforderlich ist, um eine Reproduzierbarkeit schon auf Seiten der Daten und Software zu ermöglichen. Das Befassen mit diesen Themen führt von einer Erstellung einer Publikation zum Begriff der Open Science oder offener Wissenschaft, die unter anderem Open Access, Open Data als auch Open Source betrifft. Hier konzentriert sich Carina in ihrer Forschung besonders auf den letzten Teil, insbesondere wie Erkenntnisse aus der Softwaretechnik dazu beitragen können, dem großen Ziel der Reproduzierbarkeit auch über die Zeit hinweg zumindest näher zu kommen. Wichtig ist auch den Entstehensprozess von Software zu betrachten. Die Fernseh-Show Bares für Rares demonstriert, wie die Wertigkeit eines Objekts durch eine nachgewiesene Herkunft signifikant beeinflusst wird. Dies erfolgt durch Nachweis der sogenannten Provenience. Der Begriff Provenience bedeutet die Aufzeichnung der Geschichte der Entstehung eines Objektes. Dies läßt sich auf Software übertragen. Die Wertigkeit und Qualität von einer Software-Publikation könnte zum Beispiel dadruch evaluiert werden indem der Build- und Entwicklungsprozess aufgezeichnet, und mit dem PROV W3C-Standards dokumentiert. Neben der Dokumentation liegt der nächste Schritt für reproduzierbare Software (vgl. E. Heitlinger: Reproduzierbarkeit – Wissenschaftliche Arbeit als Software-Projekt) darin, die erforderlichen zusätzlichen Bestandteile auch zur Verfügung zu stellen. Die nachhaltige Softwareentwicklung befasst sich in besonderem Maße damit, dass die Software von anderen sowohl genutzt als auch in Zukunft weiterentwickelt werden kann. Natürlich sollten wissenschaftliche Veröffentlichungen grundsätzlich die Wissensgewinnung und Validierung genau beschreiben, nur ist dies im gängigen Rahmen und Form normaler Publikationsformen weder in Form noch im Umfang abzubilden. Daher fordern viele Journals und Konferenzen, die Daten und Methoden in der Form von ausführbaren, web-basierten Jupyter Notebooks zur Verfügung zu stellen. Ein neuer Ansatz ist eine "Software Zitierbarkeit" zu ermöglichen, also sowohl die Form mit Weblinks und Versionierung, also auch mit Infrastruktur wie dem Dienst Zenodo, das einen Digital Object Indentifier (DOI) für Software mit einem Langzeitarchiv bereitstellt. Das ist ein Service, der in etwas weniger spezialisierter Form für unterschiedliche Medien auch von vielen Hochschulbibliotheken angeboten wird. Am DLR widmet sich die Software Engineering Initiative mit vielen Ansätzen, um Forschenden zu helfen nachhaltige Software zu entwickeln. Ein wichtiger Bestandteil sind hier Trainings, wie beispielsweise Repositories verwendet werden sollten: Hinweise für sinnvolle Commit-Messages verwenden. Wie sollten Versionen vergeben werden? Neben den eigentlichen Sourcen sollte auch der Build-Prozess und Testdaten im Repository sein Sinnvolle Struktur von Dateibäumen und sprechende Bennenung von Dateien Jedes Repository sollte eine README-Datei haben, die am Anfang kurz die Funktion der Sourcen beschreibt und in welchem Scope und in welchen Constraints die Ziele erreicht werden sollen, wie sie installiert, ausgeführt und getestet wird und wie sollte die Software zitiert werden? Unter welcher Lizenz steht die Software? Unterstützung gibt es auch durch zentrale Infrastruktur, die vom DLR beispielsweise durch eine eigene GitLab bald zur Verfügung stehen wird, und allen Forschenden einen eigenen persönlichen Bereich anbieten, sowie Projekten sofort entsprechende Strukturen bereitstellen. Die im Gespräch erwähnte SHA1-Kollision Shattered hatte einen Stillstand der für mehrere Browser grundlegende WebKit-Entwicklung zur Folge, da deren Subversion-Repository nicht mit der Hash-Kollision zurecht gekommen ist. Es gibt vielseitige Motivationsgründe für Forschende die Unterstützung der Software Engineering Initiative anzunehmen: Entweder sind sie aus einem füngeren universitären Umfeld schon mit der Thematik vertraut, oder haben Probleme durch fehlene Softwarequalität schon kennengelernt, lassen sich von Beispielen überzeugen oder Qualitätsanforderungen überreden, oder es wird ihnen durch Vorgesetzte nahe gelegt. Ein Mittel zur Motivation sind insbesondere die am DLR entwickelten Software Engineering Guidelines, die Kolleginnen und Kollegen zur Verfügung gestellt werden können. Darin sind sowohl Begründungen für das Vorgehen, aber auch einfach zur verfolgende Entscheidungsbäume und Checklisten, die je nach Größe und Kritikalität von Projekt unterschiedlich aufwendige Empfehlungen vorschlagen. Dies kann von einer TODO-Datei bis zur Integration eines vollständigen Issue-Tracker gehen, der in der höchsten Qualitätsstufe auch mit dem kompletten Code-Management integriert werden sollte. Diese Guidelines sind am DLR in eine Qualitätsinitiative integriert, bei der in jedem Institut ein Qualitätsbeauftragter oder eine Qualitätsbeauftragte zumindest erfassen sollte, warum bestimmte Empfehlungen nicht entsprochen wird, oder idealerweise das Institut dabei dazu zu motivieren diese einfach genau so umsetzen. Die erforderliche Bereitstellung digitaler Infrastruktur durch Organisationen spielt für Hochschulen neben den Bereichen des Software Engineerings auch in der Lehre eine wichtige Rolle: "Wenn technische Möglichkeiten wie Vorlesungsaufzeichnungen auch im Rahmen obligatorischer Lehrveranstaltungen genutzt werden sollen, müssen Hochschulen daher auch aus datenschutzrechtlichen Gründen entweder eine eigene Infrastruktur aufbauen oder datenschutzkonforme Dienstleistungen gegen Entgelt in Anspruch nehmen." A. Lauber-Rönsberg in Videocampus Sachsen – Machbarkeitsuntersuchung. Was alles bei der Nutzung mit Software-Repositories am Beispiel von GIT passieren kann, erzählt Sujeevan Vijayakumaran im GPN19-Vortrag Dämliche Dinge mit git anstellen. Grundlage für viele Aktivitäten der Software Engineering Group basieren auf Software Carpentries, beispielsweise mit einer GIT Einführung, die auch auf die Nachhaltigkeit abzielt. In der Helmholtz-Gesellschaft wurde das HIFIS-Projekt (Helmholtz Infrastructure for Federated ICT Services) gestartet, um die Initiativen und Erfahrungen in der Bereitstellung von Infrastrukturen innerhalb der Helmholtz Gesellschaft zu bündeln. Hier geht es nicht nur um den Betrieb der Software, sondern auch um das Training für die Services und im Allgemeinen. Dazu sollen Communities für Software Engineering und weiteren Themen gebildet werden, damit der Austausch über Erfahrungen und Wissen leichter ablaufen kann. Die Initiativen im Bereich der Research Software Engineers werden im neu gegründeten Verein DE-RSE e.V. gegründet, der vom 4.-6. Juni im Potsdam die erste Konferenz für ForschungssoftwareentwicklerInnen in Deutschland deRSE19 veranstaltet. Der Ursprung dieser Initiative liegt im WSSSPE Workshop (Working towards sustainable software for science: practice and experiences) und der Konferenz der Research Software Egineers Association. Die #deRSE19 wird auch besonders durch die TIB, dem Leibniz-Informationszentrum, Technik und Naturwissenschaften, Universitätsbibliothek, unterstützt. In der Zukunft muss es auch darum gehen, Infrastrukturen bereit zu stellen, über gute Verfahren zu informieren und auch Anreize für Forschenden zu schaffen, die verschiedenen Ansätze aufnehmen. Der Verein und das HIFIS-Projekt möchten hier mit unterschiedlichen Ansätzen dazu beitragen die Situation zu verbessern, und insbesondere die aktuelle Dynamik in Richtung Open Journals, Open Data, Open Source und Open Science zu nutzen. Für einzelne Gruppen und Instituten sollte die Wichtigkeit sich mit Open Source Lizenzen nicht unterschätzt werden: Es kann sonst zu Inkopatibilitäten zwischen verschiedenen Lizenzen kommen, oder es fehlen Einverständniserklärungen von einzelnen, nicht vertraglich verbundenen Personen. Diese können beispielsweise Studierende sein, die im Rahmen einer Abschlussarbeit an einem Projekt mitgearbeitet haben. Hier muss ein Contributor Licence Agreement bereit sein, die von sonst nicht vertraglich gebunden Beitragenden unterschrieben werden kann. Literatur und weiterführende Informationen C. Haupt, T. Schlauch: The Software Engineering Community at DLR—How We Got Where We Are, Proceedings of the Workshop on Sustainable Software for Science: Practice and Experiences (WSSSPE5. 1), 2017. A. Schreiber, C. Haupt: Raising awareness about open source licensing at the German aerospace center, 2018 IEEE Aerospace Conference. IEEE, 2018. D. A. Almeida, G. C. Murphy, G. Wilson, M. Hoye: Do software developers understand open source licenses?, Proceedings of the 25th International Conference on Program Comprehension (pp. 1-11), IEEE Press, 2017. R. Krishnamurthy, M. Meinel, C. Haupt, A. Schreiber, P. Mäder: DLR secure software engineering: position and vision paper. Proceedings of the 1st International Workshop on Security Awareness from Design to Deployment (pp. 49-50). ACM, 2018. Podcasts M. Fromm, K. Förstner: Open Science Radio C. Haupt, S. Janosch, K. Förstner: Voices from de-RSE Conference 2019, Open Science Radio, OSR171, 2019. C. Haupt, S. Druskat, K. Förstner: de-RSE Association and Conference for Research Software Engineers in Germany, Open Science Radio, OSR140, 2019. S. Janosch, K. Förstner: Forschungssoftware in Deutschland, Open Science Radio, OSR091, 2017. GPN19 Special P. Packmohr, S. Ritterbusch: Neural Networks, Data Science Phil, Episode 16, 2019. P. Packmohr, S. Ritterbusch: Propensity Score Matching, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 207, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2019. http://modellansatz.de/propensity-score-matching C. Haupt, S. Ritterbusch: Research Software Engineering, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 208, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2019. http://modellansatz.de/research-software-engineering GPN18 Special D. Gnad, S. Ritterbusch: FPGA Seitenkanäle, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 177, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2018. http://modellansatz.de/fpga-seitenkanaele B. Sieker, S. Ritterbusch: Flugunfälle, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 175, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2018. http://modellansatz.de/flugunfaelle A. Rick, S. Ritterbusch: Erdbebensicheres Bauen, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 168, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2018. http://modellansatz.de/erdbebensicheres-bauen GPN17 Special Sibyllinische Neuigkeiten: GPN17, Folge 4 im Podcast des CCC Essen, 2017. A. Rick, S. Ritterbusch: Bézier Stabwerke, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 141, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2017. http://modellansatz.de/bezier-stabwerke F. Magin, S. Ritterbusch: Automated Binary Analysis, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 137, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2017. http://modellansatz.de/binary-analyis M. Lösch, S. Ritterbusch: Smart Meter Gateway, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 135, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2017. http://modellansatz.de/smart-meter GPN16 Special A. Krause, S. Ritterbusch: Adiabatische Quantencomputer, Gespräch im Modellansatz Podcast Folge 105, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2016. http://modellansatz.de/adiabatische-quantencomputer S. Ajuvo, S. Ritterbusch: Finanzen damalsTM, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 97, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2016. http://modellansatz.de/finanzen-damalstm M. Fürst, S. Ritterbusch: Probabilistische Robotik, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 95, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2016. http://modellansatz.de/probabilistische-robotik J. Breitner, S. Ritterbusch: Incredible Proof Machine, Gespräch im Modellansatz Podcast, Folge 78, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2016. http://modellansatz.de/incredible-proof-machine

In a joint effort of a group of research software enthusiasts, the association de-RSE e.V. - Gesellschaft für Forschungssoftware was founded in late November 2018. It seeks to provide a new home to the German community of Research Software Engineers and a first major effort is the organization of the deRSE19 - Conference for Research Software Engineers in Germany. We had the pleasure to talk to Carina Haupt and Stephan Druskat about the research software engineer's profile, the de-RSE association as well as the deRSE19 conference.

Gudrun unterhält sich mit Tabitha Hoffmann über ihre im Dezember 2017 vorgelegte Masterarbeit mit dem Titel: On the Applicability of Computational Fluid Dynamics on the Determination of Elements in the Thermal Circuit of Electrical Machines. Das Projekt war eine Zusammenarbeit mit der Firma SEW-Eurodrive in Bruchsal. Das Temperaturverhalten von Elektromotoren ist von großem Interesse, denn kennt man die Temperaturverteilung im Elektromotor, kann man Aussagen über das Betriebsverhalten treffen und einzelne Komponenten effektiv vor Überhitzung schützen. Besonders interessant ist dabei der Raum zwischen Rotor und Stator der elektrischen Maschine, der als Luftspalt bezeichnet wird. Um die Auswirkung von Geometrieänderungen auf den thermischen Widerstand am Luftspalt abschätzen zu können, könnten ergänzende Computersimulationen große Vorteile bringen. Im Rahmen der Arbeit von Tabitha wird erstmals prinzipiell untersucht, ob aktuell die numerische Strömungsrechnung (engl. Computational Fluid Dynamics, kurz CFD) - gekoppelt mit Wärmeübertragungssimulationen - den thermischen Widerstand am Luftspalt genau genug bestimmen kann, um hier von Nutzen zu sein. In erster Näherung lässt sich der Luftspalt relativ elementar als Ringraum darstellen. Noch interessanter wären natürlich Ergebnisse, die auf einer möglichst präzisen Geometrienachbildung des Luftspaltes im Computer beruhen. Eine umfangreiche experimentelle wie theoretische Studie liegt zum Glück in Form der Dissertation von Becker aus dem Jahr 1957 vor. Beckers experimentelle Daten sind fundiert und präzise und bilden somit eine gute Grundlage für die Validierung der Simulationsergebnisse in der Masterarbeit. Exemplarisch werden von Tabitha zwei typische CFD-Zugänge gewählt: Einerseits Ansys CFX, da es ein weit verbreitetes und bei SEW gut eingeführtes kommerzielles Softwarepaket ist (es arbeitet als Black box auf der Basis von Finite-Volumen-Methoden ) und andererseits OpenLB, welches eine open source Forschungssoftware ist (auf der Basis von Lattice Boltzmann Methoden (LBM)), die in der Gruppe von Mathias Krause ständig weiterentwickelt wird. Beide Softwarepakete haben je eigene Vor- und Nachteile und stellen zwei typische Fälle dar. Das betrifft z. B. die anwenderfreundliche Benutzeroberfläche in einer kommerziellen Software, die jedoch auf den konkreten Anwendungsfall nur eingeschränkt speziell zugeschnitten werden kann vs. ein in der Schnittstelle nicht so ausgereiftes Produkt, für das jedoch recht schnell konkrete Module für das vorliegende Problem programmiert werden können. Außerdem sind auch die numerischen Paradigmen beider Pakete grundlegend unterschiedlich. Ansys CFX ist klassisch auf die numerische Lösung von kontinuierlich formulierten partiellen Differentialgleichungen spezialisiert, während LBM ein diskretes Modell für Strömung wählt und dieses dynamisch entfaltet. Als möglichst einfacher Einstieg in die Thematik wird in der Arbeit zunächst von Wärmeübertragung zwischen konzentrischen Zylindern mit rotierendem Innenzylinder ausgegangen und das Problem ohne axiale Strömung betrachtet. Man spricht von einer Taylor-Couette Strömung. Ist die Geschwindigkeiten des inneren Zylinders hoch genug, entstehen Taylor-Wirbel. Die Simulationsergebnisse wurden mit den Messergebnissen von Becker und der Theorie zur freien Konvektion in horizontalen Ringen validiert. Anschließend wurden die Löser auf eine realistischere Geometrie angewendet mit Schlitzen am Stator (allerdings wieder ohne axiale Strömung). Zusammenfassend kann gesagt werden, dass die Simulationsergebnisse in guter Übereinstimmung mit den Messergebnissen und der Theorie sind, aber nicht genau die gleiche kritische Taylorzahl liefern. Ein grundlegendes Problem für beide numerische Zugänge ist, dass der Luftspalt im Vergleich zu den Radien von Rotor und Stator sehr klein ist. Literatur und weiterführende Informationen ANSYS, Inc.: Innovative Turbulence Modeling: SST Model in ANSYS CFX/ ANSYS Inc. Version: 2011, Forschungsbericht ANSYS, Inc.: Ansys CFX Documentation 25th November 2017 Batchelor, G. K.: An introduction to fluid dynamics. Cambridge Univ. Press 1967. Becker, K. M.: An experimental and theoretical study of heat transfer in an annulus with an inner rotating cylinder, M.I.T., Diss., 1957 Chorin, A. J. ; Marsden, J. E.: A mathematical introduction to fluid mechanics. 2. ed. Springer Lancial, N. e.a.: Taylor-Couette-Poiseuille flow and heat transfer in an annular channel with a slotted rotor. In: International Journal of Thermal Sciences 112 (2017), Nr. Supplement C, 92 - 103. Hydrodynamische Instabilität

Die deutsche Arbeitsgruppe Research Software Engineers (de-RSE) führt derzeit eine Umfrage zur Forschungssoftware in Deutschland durch und adressiert mit dieser Umfrage Personen, die wissenschaftliche Software bzw. Forschungssoftware in der deutschen Wissenschaft und Forschung entwickeln. Im kurzen Gespräch mit Stephan Janosch, selbst Research Software Engineer am Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik, geht es um die de-RSE sowie die konkreten Ziele der Umfrage.

Mit Teresa Beck setzt Gudrun das 2014 mit Tobias Hahn geführte Gespräch fort. Die Software ChromX zur Computersimulation von Chromatographie-Säulen ist inzwischen Teil des Portfolios einer Ausgründung aus dem KIT mit dem Namen GoSilico. Neben Thiemo Huuk, der gleichzeitig mit Tobias Hahn im Rahmen seiner biotechnologischen Promotion die Kundenbedürfnisse für Chromatographie-Simulationen erforscht hat, und Tobias Hahn ist Teresa als dritte im Team Gründerin der im Januar 2016 an den Start gegangenen GmbH. Tobias ist Diplom-Mathematiker. 2010-2015 modellierte er im Rahmen seiner Promotion Aufreinigungsprozesse mit modernen mathematischen Simulationswerkzeugen. Es erwies sich als sinnvoll, dafür schließlich ganz in die Bio-Verfahrenstechnik zu wechseln. Teresa Beck ist hingegen Diplom-Meteorologin, deren Faszination für die Modellierung der Wetterphänomene am Computer schließlich zu einer Promotion in Mathematik am EMCL (erst in Karlsruhe und dann in Heidelberg) führte. Einige Zeit haben Gudrun, Tobias und Teresa in der gleichen Gruppe am Institut für Angewandte und Numerische Mathematik am KIT gearbeitet, bevor sich die Wege wieder trennten. Der Kern des Programms ChromX ist eine parallelisierte Finite Elemente Simulationssoftware für die Advektions-Diffusions-Gleichungen in Aufreinigungsprozessen. Die Benutzer sind jedoch keine mathematischen Experten, sondern in der Regel Laborantinnen und Laboranten. Deshalb ist es genauso wichtig, eine funktionierende Simulation zu realisieren, wie eine grafische Oberfläche zu schaffen, die ganz intuitiv die Laborerfahrung nachbildet und dabei die Mathematik "versteckt". Schließlich sollen teure Experimente ersetzt werden und dafür muß die Bedienung den Personen im Labor leicht fallen und möglichst Freude machen. Alle eigentlich für die Mathematik wichtigen Parameter, die auf Parallelisierung, Wahl nichtlinearer Löser oder schlechte Kondition des Problemes Einfluß nehmen, muss das Programm eigenständig sinnvoll setzen, denn für den normalen Benutzer sind diese unverständlich. Dafür müssen Parameter-Konfigurationen, die für die Bedienung gesetzt werden, von vornherein sinnvoll eingeschränkt werden, um die Stabilität und Korrektheit der Simulation zu gewährleisten. Daneben gibt es jedoch auch eine Experten-Lösung, wo ein Parameterfile direkt übergeben werden kann. Es ist immer etwas ungewiß, wie erfolgreich Ideen aus der Forschung in ein florierendes Unternehmen übersetzt werden können. Für die Gründung von GoSilico war aber in der ganzen Entwicklungsphase schon die Industrie-Tauglichkeit mitgedacht und geeignete Partner mit am Tisch. Durch die Präsentation der Erfolge mit der Forschungssoftware auf Tagungen gab es auch schon vor der Ausgründung viel Interesse an einer zukünftigen Zusammenarbeit. Deshalb lagen zur Gründung viele Letters of intent vor. Wichtiger Teil des Alltages im Unternehmen ist es jetzt, die Software zu verkaufen. Es dauerte in den Verhandlungen bisher zwischen 70 und 250 Tage bis Firmen wirklich die Software erwarben. Meist folgte auf eine schnelle Zustimmung aus den Fachabteilungen (die aber (leider noch) keine Budgets für solche Software haben) die länger währende Abklärung aller rechtlichen Verpflichtungen auf beiden Seiten bevor die zuständigen übergeordneten Stellen das Geld für den Kauf freigaben. Das liegt auch daran, dass diese Art von Chromatographie-Simulation noch ganz neuartig ist und die Abläufe in den Unternehmen schießlich neu ordnen wird. Wichtig für eine vertrauensvolle Zusammenarbeit ist, dass das interne Wissen der Firmen (intellectual property) geschützt bleibt (z.B. gegenüber anderen Firmen, die die Software auch erwerben oder schon benutzen). Nach etwas mehr als einem Jahr sind aber schon sechs große Kunden aus den weltweiten Top 20 gewonnen worden. Das Ziel für 2017 lautet, noch zwei weitere zu gewinnen. Dafür stehen die Chancen gut. Gerade wächst das Team um mehrere Personen, damit die Weiterentwicklung, Dokumentation und Zertifizierungsverfahren (nach TÜV oder ISO) auf mehr Schultern verteilt werden können. Literatur und weiterführende Informationen ChromX: Simulation toolbox for liquid chromatography of proteins. GoSilico: Company for software and methods for computer-aided – in silico – bioprocess development Simone Schappert - KIT-Gründerschmiede Gründer des Monats Juli 2016. Teresa Beck, Tobias Hahn, Thiemo Huuk, Jürgen Hubbuch: In-Silico Process Development: Success Stories. Poster presented at: 29th International Symposium on Preparative and Process Chromatography; 07/2016; Philadelphia, Pennsylvania, USA, 2016. Tobias Hahn, Thiemo Huuk, Vincent Heuveline, Jürgen Hubbuch: Simulating and Optimizing Preparative Protein Chromatography with ChromX. Journal of Chemical Education 09/2015; 92:1497–1502. DOI:10.1021/ed500854a, 2015. Gang Wang, Till Briskot, Tobias Hahn, Pascal Baumann, Jürgen Hubbuch: Estimation of adsorption isotherm and mass transfer parameters in protein chromatography using artificial neural networks. Journal of Chromatography A 03/2017; 1487:211–217. DOI:10.1016/j.chroma.2017.01.068, 2017. Thiemo C. Huuk, Tobias Hahn, Katharina Doninger, Jan Griesbach, Stefan Hepbildikler, Jürgen Hubbuch: Modeling of complex antibody elution behavior under high protein load densities in ion exchange chromatography using an asymmetric activity coefficient. Biotechnology Journal 03/2017, 1600336. DOI:10.1002/biot.201600336, 2017. Podcasts T. Hahn: Chromatographie, Gespräch mit G. Thäter im Modellansatz Podcast, Folge 21, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2014. A. Osberghaus: Versuchsplanung, Gespräch mit G. Thäter im Modellansatz Podcast, Folge 22, Fakultät für Mathematik, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), 2014.